Python pandas 染色体 SNP 位点提取并排序

最新推荐文章于 2025-05-31 13:00:00 发布

Bio Coder

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分类专栏： Python 文章标签： Python pandas 染色体 SNP

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本文介绍如何利用Python的Pandas库读取并处理基因型数据文件，具体包括读取表格数据、筛选特定染色体上的位点、按位置排序及导出CSV文件的方法。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

import pandas as pd
from pandas import DataFrame as df

f = open('C:\\Users\\windows10\\Desktop\\Python练习\\文本流\\1177genetype_hapmapcp1_18_01.txt')
d0 = pd.read_table(f, sep = "\t") #header 默认为第一行
d0.shape  #展示数据框的  行数和列数，如果数据为1，则对sep重新设置进行调节
d01 = d0[d0.chrom == 1]  #，提取1号染色体上的所有位点，染色体1 不可加‘’，以为已经为字符串型,等同于d02 = d0[d0.iloc[:,2] == 1]
print(d01)
d01.head()
d02 = d01.sort_values(by= 'pos')    #按照POS排序
d02.head(20)
d02.shape           #查看数据的  行数、列数
d02.to_csv("C:\\Users\\windows10\\Desktop\\Python练习\\文本流\\chrom1.csv")