【空间&单细胞组学】第1期：单细胞结合空间转录组研究PDAC肿瘤微环境

最新推荐文章于 2025-04-08 14:46:29 发布
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分类专栏： 文献解读 文章标签： 其他
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6.19那天我在公粽号发布了创建「空间&单细胞组学文献学习小组」的帖子，同时出了几个思考题。因为人数有所控制，最终的小组成员只确定了9位，还有十多位联系我的朋友，没有赶上这次的班车，向你们「表示歉意」。以后如果有其他小组，我会再通知大家。学习小组的教程、视频等等以后都会在「公粽号发布」，大家可以关注一下。

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上周日，小组进行了第1期分享，由TOP菌和Jeffery主讲，分别介绍了：

  • 2020年单细胞结合空间转录组研究PDAC肿瘤微环境的论文
最低0.47元/天 解锁文章
热点综述 | 单细胞+空间转录组的整合分析方法总结
wen05054105的博客
10-21 2304
来自美国的科研人员在《Nature reviews genetics》发表综述文章，回顾了整合scRNA-seq与空间转录组学技术研究的尝试和努力，包括新兴的整合计算方法，并提出了有效结合当前方法的途径。
单细胞转录组+空间转录组联合应用，1+1＞2
Igenebook的博客
11-18 2017
研究结果推进了对CAFs在癌症免疫逃逸中精确作用的理解，并为HNSCC更有效的免疫疗法铺平了道路。通过单细胞转录组（scRNA-seq）和空间转录组（ST）技术的联合应用，我们能够深入理解细胞的分子特性及其在组织中的空间分布，从而揭示细胞异质性、细胞间相互作用以及它们在疾病中的作用。（Single-cell RNA-sequencing，scRNA-seq）是一项在单细胞水平上分析基因表达的技术，它允许研究者直接分析单个细胞中的RNA表达谱，揭示细胞内群体异质性、定义细胞类型、细胞状态和细胞的动态转变。
单细胞多组学及空间组学数据分析与应用
最新发布
weixin_51101456的博客
04-08 1245
然而，空间组学数据的复杂性也带来了严峻的计算挑战，现有的分析方法较为零散，难以满足深入研究的需求。例如，利用 scRNA-seq 和空间转录组技术，研究人员可以追踪神经干细胞在胚胎神经系统发育过程中的分化路径，以及它们在特定脑区的空间分布规律，为理解神经系统的发育机制提供全面且精准的数据支持。对于空间组学而言，目前空间分辨率和检测通量之间还存在一定矛盾，如何在提高空间分辨率的同时，实现更高通量的分子检测，以及如何更好地整合不同空间组学技术的数据，构建全面、准确的组织空间分子图谱，是当前研究的重点和难点。
10X单细胞联合空间转录组技术解析结直肠癌肿瘤微环境
weixin_53637133的博客
05-14 988
10X单细胞联合空间转录组技术解析结直肠癌肿瘤微环境
文献调研-单细胞转录组与空间转录组联合分析Tangram
weixin_46065198的博客
06-24 1325
Biancalani, T., Scalia, G., Buffoni, L. et al. Deep learning and alignment of spatially resolved single-cell transcriptomes with Tangram. Nat Methods 18, 1352–1362 (2021). https://doi.org/10.1038/s41592-021-01264-7 sc/snRNA-seq可以全面描述细胞，但缺少空间信息；空间转录组有空间信息，但
单细胞及空间转录组高分文章解析！ceRNA学习！
悟道西方
07-26 2886
培训背景 单细胞测序是从单个细胞水平对基因组和转录组进行研究。2015年以来，10X Genomics、Drop-seq、Micro-well、Split-seq等技术的出现，彻底降低了单细胞测序的成本门槛。自此，单细胞测序技术被广泛应用于基础科研和临床研究。通过单细胞测序可以最大程度的反映细胞的异质性，发现新的细胞群和细胞亚群，并为阐明细胞状态转换的...
SpatialDB |单细胞空间转录组数据分析可视化平台
悟道西方
02-11 2536
单细胞测序技术是一种在单细胞水平上对基因组、转录组、表观组等进行高通量测序分析的技术。(单细胞转录组教程汇总)单细胞测序技术能够在组学水平揭示细胞间的异质性。单细胞水平细胞谱系追踪技术位居...
热点综述 | 空间组学技术如何全面解码肿瘤微环境
wen05054105的博客
06-14 1018
复旦大学附属中山医院的科研团队在《Clin Transl Med》发表综述文章，回顾了空间组学的技术进步，以及先进的计算方法如何促进多模态空间数据分析；讨论了空间组学研究在精确肿瘤学中的潜在临床转化，并提出了在空间数据解释中将空间生态学原理转移到癌症生物学中。......
热点综述 | 空间多组学技术在肿瘤免疫微环境研究中的应用
wen05054105的博客
03-07 1051
2022年《Journal of Biomedical Science》发表了一篇综述文章，回顾了前沿空间组学技术、它们在肿瘤免疫微环境研究中的应用，以及存在的技术挑战。
单细胞组学简介
生信了
09-17 1925
我们知道生命过程是建立在细胞时空动态调控的基础上的。比如，胚胎发育过程中，随着时间推进，细胞不断分裂、分化、成熟；其过程同时也受到空间信息的调控，比如周边细胞的细胞间通讯。最小的生命单位是细胞，我们可以对细胞进行测序来研究其动态变化过程。05 年左右兴起的 bulk 测序以其高通量的优点迅速成为生命科学领域的重要研究手段，并大大推动了该领域的研究进展。bulk 测序往往是将一群细胞混合在一起测序，难以捕捉细胞间可能存在的异质性。
论文解析：scRNA-seq结合空间转录组综述
weixin_46065198的博客
06-07 2924
Li, B., Zhang, W., Guo, C. et al. Benchmarking spatial and single-cell transcriptomics integration methods for transcript distribution prediction and cell type deconvolution. Nat Methods (2022). https://doi.org/10.1038/s41592-022-01480-9（1）gimVI：深度生成模型，推断未
单细胞分析实录(17): 非负矩阵分解(NMF)代码演示
TOP生物信息
07-23 2382
本次演示使用的数据来自2017年发表于Cell的头颈鳞癌单细胞文章：Single-Cell Transcriptomic Analysis of Primary and Metastatic Tumor Ecosystems in Head and Neck Cancer。本次演示提供处理好的测试数据，以及所有代码，一共6个脚本（我目前写得最详细的教程，也是全网少有的）。 数据的预处理就不演示了，预处理的代码存放在0.pre.R文件中。 以下是肿瘤细胞tsne图和原图的对比，和原文一致，说明前面的数据提.
（六）单细胞数据分析——非负矩阵分解（NMF）识别功能模块
m0_47675572的博客
06-26 8771
对上皮细胞进行非负矩阵分解获取细胞的状态，发掘潜在生物学意义的模块
单细胞分析实录(16): 非负矩阵分解(NMF)检测细胞异质性
TOP生物信息
06-25 5679
相信做过肿瘤单细胞的小伙伴对这个分析并不陌生，如果多读几篇文献，就能在CNS以及大子刊上面看到这个分析。 非负矩阵分解(Nonnegative Matrix Factorization,NMF)是在矩阵中所有元素均为非负数约束条件之下的矩阵分解方法。 基本思想：给定一个非负矩阵V, NMF能够找到一个非负矩阵W和一个非负矩阵H, 使得矩阵W和H的乘积近似等于矩阵V中的值。 放在我们单细胞转录组的场景下，就是需要将一个基因×细胞的表达矩阵(V)，分解成基因×表达程序(W)，与表达程序×细胞(H)两个矩阵的
10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之NMF（非负矩阵分解）
weixin_53637133的博客
04-30 2224
10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之NMF（非负矩阵分解）
单细胞高分文章代码分享5 泛癌ITH (NMF分解)
juzheng87的博客
05-19 776
元程序涵盖了不同的细胞过程，包括通用的(例如，细胞周期和应激)和谱系特定的模式，我们将其映射到转录ITH的11个特征。大多数癌细胞的代谢程序与非恶性上皮细胞中发现的相似，这表明很大一部分恶性ITH程序甚至在肿瘤发生之前就是可变的，反映了其起源细胞的生物学特性。综上所述，我们已经组装了一个全面的泛癌单细胞RNA测序数据集，该数据集可以通过策展的癌细胞图谱网站获得，并利用该数据集对转录的ITH进行系统的表征。代码：https://github.com/tiroshlab/3ca。
主成分与因子分析异同_如何做主成分分析和因子分析？它们的区别与联系在哪里？...
weixin_39604516的博客
12-22 804
“主成分分析和因子分析有什么区别和联系？”这个问题其实很多朋友在后台提问过，今天将这个问题的答案写成推送分享给大家。以后有问题或需求，请在下方留言区留言。觉得解释得好的朋友，记得打赏，看看用“苹果”手机的人是不是在减少~~方法背景随着硬件技术的发展，每年被记录和存储下来的数据是非常庞大的，如何从庞大的数据堆中筛选出目标数据并分析得到有用的结论是现今重要的领域---数据挖掘。为了能够充分有效的利用数...
内容复习----NMF在单细胞空间中的运用
weixin_53637133的博客
02-13 786
内容复习----NMF在单细胞空间中的运用
脚本更新---NMF在空间转录组的运用
weixin_53637133的博客
12-17 777
脚本更新---NMF在空间转录组的运用
virtual_wrapper pdac
12-31
### Virtual Wrapper PDAC Implementation and Usage in Chip Design or Simulation Tools In the context of chip design and simulation tools, a virtual wrapper around Peripheral Device Access Controller ...
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