02.marker展示_堆叠小提琴图

最新推荐文章于 2024-01-14 19:55:24 发布
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分类专栏： 绘图 单细胞 文章标签： 单细胞 ggplot2 生物信息
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整理了一些旧代码，颜值还不错。
我的公粽号有获取方式，除了提供代码，还会提供原始count数据，跟着代码一步一步运行，可以熟悉单细胞转录组基本分析的流程。我也会加入一些自己实际分析中的技巧，希望大家能喜欢这个系列。

竖直方向的

水平方向的

这种图我用很多种方法都画过，目前所采用的代码最灵活

R语言ggplot2可视化小提琴图（violin plot）并使用ggsignif添加分组显著性（significance）标签
data+scenario+science+insight
12-05 2229
R语言ggplot2可视化小提琴图（violin plot）并使用ggsignif添加分组显著性（significance）标签
R语言ggstatsplot包grouped_ggwithinstats函数可视化分组小提琴图、并添加假设检验结果（包含样本数、统计量、效应大小及其置信区间、显著性、组间两两比较、贝叶斯假设）
statistics+insight+vista+power
07-30 551
R语言ggstatsplot包grouped_ggwithinstats函数可视化分组小提琴图、并添加假设检验结果（包含样本数、统计量、效应大小及其置信区间、显著性、组间两两比较、贝叶斯假设）、图形上的统计检验结果报告符合APA统计报告的标准......
ggplot堆叠图无缝拼接(自写一个简洁堆叠小提琴图函数）
qq_42090739的博客
03-21 1997
最近沉迷于写函数，所以写一个堆叠的函数，拼图无缝衔接，图还是很好看的，这里解决了ggplot拼图无缝衔接，网上有些函数很复杂，且没用。**本来这个帖子已经写完，然后刚好小伙伴问了一个问题，我就先抛出了，结果又有人提出加显著性的要求。事情的起因是我要复现一个文章的堆叠小提琴图，只不过堆叠小提琴用的是Split小提琴图，不仅展示细胞中基因的表达，也将分组展示了。此外，有了这个启发，我们是不是可以对一些基本的图进行无缝拼接呢，堆叠展示跟更体现效果，颜值也是拉满。
matplotlib：热图、箱形图、小提琴图、堆叠面积图、雷达图、子图
最新发布
we chat：玩转测试开发
01-14 1055
选择合适的可视化方法不仅能帮助我们更快地理解数据，还能让我们的分析结果更容易被他人理解。：在数字化的世界里，从Web、HTTP到App，数据无处不在。例如，对比不同的Web服务，你可以在多个维度（如响应时间、用户满意度、访问量）上进行全面比较。它能展示数据的中位数、四分位数和异常值，对于发现性能瓶颈或优化响应策略尤为有用。比如，在分析App的使用时长时，它不仅显示了数据的分布范围，还展示了数据密度。例如，它可以用来分析用户最常点击的网页区域，帮助优化页面布局和用户体验。
R 语言 画多个合并在一起的小提琴图
weixin_46021869的博客
08-11 4379
R 语言，Seurat object，想要实现多个小提琴图在一个图的效果，想要实现的效果如下所示： library(Seurat) library(SeuratData) library(ggplot2) library(ggpubr) ## remove the x-axis text and tick ## plot.margin to adjust the white space between each plot. ## ... pass any arguments to VlnPlot in
单细胞基因可视化之小提琴图
qq_42090739的博客
03-03 1万+
完成单细胞定群后，就可以做很多东西了，首先可视化marker基因，这是很多单细胞文章中不可或缺的一部分，当然，marker基因的可视化可以拓展到对任意自己感兴趣基因的可视化。 小提琴图是其中的一种。Seurat自带函数VlnPlot可以进行基因可视化，其实在前面QC结果的战事中已经使用过一次了。 VlnPlot(scedata, features = c("RAMP2","VWF","PECAM1","LUM"), pt.size = 0, ncol
【代码更新】01.marker展示_聚类和热图组合
TOP生物信息
05-30 583
之前写了4篇单细胞绘图的进阶代码，反响还不错，每篇都有三四五百人领取代码： 01.marker展示_聚类和热图组合 02.marker展示_堆叠小提琴图 03.两组比较_差异基因数目展示 04.两组比较_差异基因展示 有一两位读者跟我提了一些小建议（在此表示感谢），比如： 代码01加上基因名称（原来没有基因名，因为我设想用AI加会更方便） 代码02调整出图的方向（原来为了得到横向的图，需要在pdf阅读器中手动旋转90度） 这是代码01更新后的图，还是用的ggplot2及其拓展包打造，没有用pheatm
单细胞分析实录(9): 展示marker基因的4种图形（二）
TOP生物信息
03-02 1万+
在上一篇中，我已经讲解了展示marker基因的前两种图形，分别是tsne/umap图、热图，感兴趣的读者可以回顾一下。这一节我们继续学习堆叠小提琴图和气泡图。 3. 堆叠小提琴图展示marker基因 相比于其他可视化形式，小提琴图可以更直观地展示某一类亚群的某一个基因的表达分布情况。我的marker基因一共选了12个，下面来画图： Seurat内置的VlnPlot函数可以直接画， library(xlsx) markerdf2=read.xlsx("ref_marker2.xlsx".
100天精通Python（可视化篇）——第83天：matplotlib绘制不同种类炫酷箱形图参数说明+代码实战（水平、缺口、群组、堆叠、核密度、小提琴箱形图）
努力让自己发光，对的人才能迎着光而来
04-10 1万+
1. 箱形图介绍 1）箱形图介绍 2）怎么看箱型图？ 3）参数说明 2. 普通箱型图 1）绘图 2）解释说明 3. 水平箱形图 4. 带有缺口的箱形图 5. 群组箱形图 6. 堆叠箱形图 7. 核密度估计箱形图 8. 小提琴箱形图
单细胞分析实录(8): 展示marker基因的4种图形（一）
TOP生物信息
01-08 1万+
今天的内容讲讲单细胞文章中经常出现的展示细胞marker的图：tsne/umap图、热图、堆叠小提琴图、气泡图，每个图我都会用两种方法绘制。 使用的数据来自文献：Single-cell transcriptomics reveals regulators underlying immune cell diversity and immune subtypes associated with prognosis in nasopharyngeal carcinoma. 去年7月发表在Cell Researc
数据可视化之小提琴图（原理+Python代码）
12-21
数据来源于天池赛题：零基础入门数据挖掘 – 二手车交易价格预测 地址：https://tianchi.aliyun.com/competition/entrance/231784/introduction?spm=5176.12281957.1004.1.38b02448ausjSX 目录一、原理介绍二、代码实现三、结果解读 一、原理介绍 小提琴图（violin plot）顾名思义，就是外形像小提琴的一种图。这种图用来显示数据的分布和概率密度，可以看成是箱线图和密度图的结合。小提琴图的中间部分反映箱线图的信息，图的两侧反映出密度图的信息。小提琴图常用于建模前的EDA数据探索性分析环节。 下
stackedplot 函数_R函数实现单细胞StackedVlnPlot
weixin_39870155的博客
12-19 1263
作者：ahworld链接：R函数实现单细胞StackedVlnPlot来源：微信公众号-seqyuan著作权归作者所有，任何形式的转载都请联系作者。image上图这样的单细胞StackedVlnPlot在高分文章中出现比较多，比较适合美观的展示多个marker gene的表达分布，而目前Seurat画小提琴图的函数VlnPlot是不能实现这样堆叠效果的。我们在《seurat结果转scanpy画St...
R语言绘图，绘制小提琴图加Anova
何加焉的博客
11-24 1885
ggplot(MG_RAST_NocrAss, aes(x=feature, y=log10(rel_res))) + geom_boxplot(aes(fill=feature)) + theme_minimal()+ theme(axis.text.x=element_text(angle=45, hjust=1, size=10), legend.position = "none") + labs(y = "Normalized ARG abundance", x=.
生信绘图小技巧 | 多组小提琴柱状组合图绘制
BioinfoDu
03-06 724
昨天，我们分享了跟着NC学作图 | 差异比较小提琴+柱状组合图的教程。这是单个图形的教程，「如果是多个类似的图形，我们需要绘制呢？」 对于这个问题，我们很多同学首先想到的就是“拼图”，这也是我的首先想到的。 使用plot_grid()函数进行拼图 拼图的方式很多，我一直都是使用plot_grid()进行拼图，我个人认为这是很简单的方法。 plot_grid()操作 ## 绘制各个图形p1p2p3..............## 拼图 plot_grid(p1,p2,p3,&
【TOP生物信息】CNS图表复现，单细胞marker基因展示的另一种方式——蜂巢图
TOP生物信息
05-21 3351
Sten Linnarsson大神的单细胞绘图堪称极致美学，在这里，小编选择了发表在nature上展示marker基因的绘图进行复现。
跟着Cell Research学单细胞分析：以小提琴图、热图为例
TOP生物信息
12-29 2463
最终可以得到这样的图： 跟风写个标题，原视频在B站，搜标题即可看到（UP主：TOP菌）。如果你对视频中的内容有不清楚/不认同的地方，欢迎在评论区留言讨论。 涉及到的知识点包括且不限于： 小提琴图，添加均值标记，拼图 ggplot2绘制聚类热图，数据框长宽转换 单细胞分析如何使用特定的基因聚类 使用每个cluster的均值画热图，分组统计 ...
seaborn分类数据可视：散点图|箱型图|小提琴图|lv图|柱状图|折线图
weixin_30445169的博客
08-24 1231
一、散点图stripplot( ) 与swarmplot（） 1.分类散点图stripplot( ) 用法stripplot(x=None, y=None, hue=None, data=None, order=None, hue_order=None,jitter=True, dodge=False, orient=None, 　　　　　　 color=None, palet...
箱形图box plot 和 小提琴图violin plot
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ac540101928的专栏
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一、箱形图box plot 1）箱型图概念 箱形图（Box-plot）又称为盒须图、盒式图或箱线图，是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图。因形状如箱子而得名。 箱形图于1977年由美国著名统计学家约翰·图基（John Tukey）发明。它能显示出一组数据的最大值、最小值、中位数、及上下四分位数。 2）箱形图包含内容 "盒式图"或叫"盒须图""箱形图"boxplot（也称箱须
# render elements self._render_marker = True self._render_trails = True
05-17
这段代码看起来像是 Python 中的一个类的初始化函数中的代码。其中 `_render_marker` 和 `_render_trails` 是该类的两个成员变量，它们的值都被初始化为 True。根据变量名来看，这个类可能是用于渲染某种图形的，`_render_marker` 和 `_render_trails` 可能是控制是否渲染标记和轨迹的开关。但是，为了更好地理解这段代码的含义，还需要结合该类的其他代码来进行分析。
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