被迫使用R的序列分析
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使用windows+R语言 进行序列分析
Type真是太帅了
望崦嵫而勿迫兮,恐鹈鴂之先鸣。
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windows R语言 生物序列分析(一) 环境安装
1.R(https://cran.r-project.org/bin/windows/base/old/3.6.3/R-3.6.3-win.exe) 为了确保之后的各种包能正常使用,这里使用3.6.3版本,过早或过新一些包都不会支持(比如amplicon)。 其他默认即可。 如果已有Rstudio,但R版本不同,需要切换版本,(比如目前是4.0.3),点击Rstudio菜单栏的Tools->Global Options: 点击General的R version的charge按钮,原创 2021-07-12 10:49:05 · 741 阅读 · 0 评论 -
usearch标准注释文件转化为标准8列注释文件 sintax2taxonomy
在易生信的某ppt中,出现了标准两列注释文件和八列注释文件,八列注释文件在之后某一步用到,但是ppt并未给出从usearch标准注释文件otus.sintax转换到标准八列注释文件的代码,所以自己尝试手动写了一下 但是shell命令不熟悉,就用R写了。 比如我手中的sintax第一行是: OTU_1 k:Bacteria(1.00),p:Proteobacteria(1.00),c:Betaproteobacteria(1.00),o:Burkholderiales(1.00),f:Oxa...原创 2021-03-17 00:09:29 · 1061 阅读 · 0 评论
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