
python
文章平均质量分 62
吊炸天的小鸿鸿
这个作者很懒,什么都没留下…
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记录贴:转换dcm/dicom数据为nii格式
现在常用的医学图像格式包括有nii和dicom数据,如何完成这两种格式的转换十分有用,此文主要记录的怎么将dicom数据转换为你并保持空间关系的对应。原创 2022-12-02 17:49:08 · 2112 阅读 · 0 评论 -
Tensorflow2.0 使用Keras 迭代器 加载图像分割训练集
当遇到大数据时,无法将数据全部加载进内存,需要用到分批次加载,网上的方法很多都是关于分类数据集,记录一下分割数据集使用迭代器进行数据加载的方式。主要从keras.utils.Sequence 继承后定义一个数据加载器 DataGenerator。注:本文的代码只展现了关键部分,不是完整代码定义数据生成器class DataGenerator(keras.utils.Sequence): def __init__(self, data_img, data_mask, batch_size=1原创 2022-05-12 12:33:55 · 696 阅读 · 0 评论 -
Tensorflow2.0 使用Kera 迭代器 加载图像分割训练集
当遇到大数据时,无法将数据全部加载进内存,需要用到分批次加载,网上的方法很多都是关于分类数据集,记录一下分割数据集使用迭代器进行数据加载的方式。主要从keras.utils.Sequence 继承后定义一个数据加载器 DataGenerator。**注:本文的代码只展现了关键部分,不是完整代码**## 定义数据生成器```pythonclass DataGenerator(keras.utils.Sequence): def __init__(self, data_img, data_..原创 2022-05-12 12:16:39 · 593 阅读 · 0 评论 -
将dicomRT数据解析为nii保存
剂量预测项目需要将从TPS导出的DCIOM_RT 数据保存为nii,以便后续处理。开贴记录:1、dose文件解析dose文件是按照3mm体素进行分布的,其大小和原始CT图像并不一致,这里我们使用SimpleITK 包,读取病人CT图像和Dose文件,并通过sitk中的重采样将dose图像和CT图像进行对齐。代码如下:def resize_image_itk(ori_img, target_img, resamplemethod=sitk.sitkNearestNeighbor): """原创 2022-04-14 17:54:58 · 2361 阅读 · 14 评论 -
RT struct 文件 保存为nii文件及解析
最近在做放疗剂量预测相关工作,需要将TPS系统中的RTdose、RTstruct文件等进行解析。开个帖子记录一下,仅供参考。本帖记录RT struct文件解析目的:将TPS导出的病人文件相关文件转换.nii 或者 .npy病例文件结构:导出的数据应该包括病人的dcm原始CT图像以及RTstruct文件,结构目录如下:处理流程:参考开源的 dcmrtstruct2nii 工具包,pip 安装后,修改部分源代码 。以解决dcm文件不能读取以及是否保存文件到磁盘的问题。1、原创 2022-04-02 17:04:59 · 3837 阅读 · 7 评论 -
Ubuntu21.04 安装.netcore并使用jupyter 运行C#、F#代码
使用jupyter运行C#,F#主要有以下几个过程:1.安装 .netcore。2. 安装python3(默认自带)3. 安装jupyter4. 安装dotnet工具一、安装.netcore使用Ubuntu安装.netcore过程如下:1.打开终端并运行以下命令wget https://packages.microsoft.com/config/ubuntu/21.04/packages-microsoft-prod.deb -O packages-microsoft-prod.debsu原创 2021-08-02 10:54:36 · 883 阅读 · 0 评论 -
python学习笔记(三)——函数、类与对象
一、函数1、函数的定义Python 把函数也当成对象,可以从另一个函数中返回出来而去构建高阶函数,比如: 参数是函数、返回值是函数。函数的定义。函数以def关键词开头,后接函数名和圆括号()。函数执行的代码以冒号起始,并且缩进。return [表达式] 结束函数,选择性地返回一个值给调用方。不带表达式的return相当于返回None。def functionname (parameters): "函数_文档字符串" function_suite r原创 2021-07-14 09:24:13 · 1584 阅读 · 0 评论 -
python学习笔记(二)
一、列表1.定义:列表是有序集合,没有固定大小,能够保存任性数量任意类型的python对象。2.列表的创建x = ['monday','tuesday', 'wednesday']#直接定义x = list(range(10)) #利用range()创建x = [0] * 5 #利用推导式创建列表mix = [1, 'lsgo',3.14,[1,2,3]]#创建混合列表empty = [] # 创建空列表3.列表的修改a.添加元素:list.append(obj)-追加:将一个东西整体添原创 2021-07-13 16:20:30 · 190 阅读 · 0 评论