分子模拟
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分子模拟常用软件使用及出现的问题汇总
ZJayHan
bioinformatic
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分子对接简要教程（autodock）
使用autodock的小伙伴们，按照这个步骤走一遍基本就会了。而且正式做东西的话，也基本是这个步骤。原创 2018-06-02 18:55:37 · 24502 阅读 · 1 评论 -
carma相关命令
carma-分子动力学分析软件RMSD矩阵###只有ca原子的RMSDcarma64 -verbose-cross -segid P1 4eiy-com-D-1000.dcd 4eiy-cpwi.psfcarma64 -colour -< carma64.RMSD.matrix 二面角PCA###dPCA，不包含支链的角度###10是生成的特征向量数，310是温度。segid看PSF文件，链...原创 2018-06-05 17:14:14 · 829 阅读 · 1 评论 -
AutodDock安装及使用
AutoDock安装及使用AutoDock 4.2.6 在Windows7中文版下的安装及运行 注意事项： 1、所有安装文件及后续处理文件的存储、安装、读取目录均不可有中文文件夹出现，文件名中除字母，数字及“_”外均不可使用。 2、建议安装时使用程序默认的安装路径，不要更改。 3、同一批次处理的文件存放在默认目录中，建议每次处理完毕后将其存放在另外位置。 4、注意C:\Program Files\...原创 2018-06-02 19:24:02 · 93598 阅读 · 25 评论 -
拆分整合轨迹CatDCD
CatDCD - Concatenate DCD files查看轨迹eq01.dcd和eq02.dcd 有多少帧 catdcd -num eq01.dcd eq02.dcd 拆分轨迹文件 catdcd -o eq_first.dcd -first 1000 -last 2000 -stride 10 eq01.dcd -o 输出文件 -first 起始帧 -last 最后一帧 -stride...原创 2018-06-04 14:47:09 · 3247 阅读 · 4 评论 -
AutoIMD教程
Introduction to AutoIMDAutoIMD是一种从VMD中利用原子坐标文件快速开始NAMD分子动力学模拟的一种方法。这种模拟可以在VMD图形界面中实时的观测。使用合适的设备(如VRPN跟踪器)，用户还可以与正在运行的模拟进行交互，并对单个原子或残基施加力场。这样的交互在构建和模拟一个系统时非常有用，并且可以通过修补关键残基和原子来获得有意义的结果。虽然交互分子动力学(IMD)技术...原创 2018-06-02 19:44:55 · 908 阅读 · 0 评论 -
VMD/NAMD命令/规则
添加周期性水环境package require solvatesolvate ubq.psf ubq.pdb -t 5 -o ubq wb-t (override with any of the following)-o (data will be written to output.psf/output.pdb)添加离子中和多余电荷autoionize -psf file.psf -pdb fi...转载 2018-06-04 19:43:34 · 5317 阅读 · 0 评论 -
VMD常用命令（转载）
VMD的console是十分强大的，也提供了很多内置命令，这里把当年研究VMD内置命令的笔记的一小部分发上来。和user guide有相似之处，但是我都尽量写成例子的形式来说明，绝大部分都是亲自试过的。可能当时有些地方写的不准确，也不完整，但是现在也懒得check了。有疑问还是对照user guide中的严格说法。 *****一些额外内容*****VMD里面所有行为，都可以用命令描述出来。打开VM...转载 2018-06-03 21:05:54 · 24214 阅读 · 0 评论 -
GROMACS中mdp文件注解小结
；预处理title = OPLS Lysozyme MD ； 标题，可任意定义（最长64个字，简单点好）cpp = /lib/cpp ； 预处理器，与C/C++的预处理器一样，默认为（/lib/cpp）include = ； 引用文件，即拓扑文件中引用其他文件的路径，引用方式与C/C++引用一样：格式： -I/home/../include -L/home/../libdefine = ...原创 2018-12-28 11:00:50 · 14740 阅读 · 3 评论 -
NAMD靶向分子动力学模拟Target molecular dynamic stimulation（附conf文件）
下面附上靶向分子动力学的conf文件，具体问题具体分析，参数根据自己体系进行修改。TMD比常规MD的conf不同就在于EXTRA PARAMETERS 这部分多了一些参数。具体设置可参考上述TMD介绍。conf:############################################################### JOB DESCRIPTION ...原创 2018-06-07 17:08:35 · 4213 阅读 · 2 评论 -
使用windows版Gromacs进行正则模分析
之前组里的服务器上安装的是4.5单精度版本GROMACS，结果自己试了好多天计算正则模都没有成功。我一直以为它是双精度的，结果今天打开log一看，惊呆了，是我一直搞错了。迫于很急，自己对于linux安装软件也不熟悉，果断下了一个双精度版本的win版GMX，结果发现异常好用，下面写一下我用来计算正则模的过程（简正模式）。GROMACS的win版，是在cmd下使用。首先要cd到他的文件夹的bin目...原创 2018-12-18 13:39:11 · 2695 阅读 · 2 评论 -
Gromacs读取二进制文件转化为可读十进制文件
近来用GROMACS做简正模式分析（NMA）,做完之后，想做后续工作需要用到Hessian矩阵和特征值和特征向量。但是GMX输出的特征值是十进制格式，输出的Hessian(.mtx)和特征向量(.trr)都是二进制文件，无法直接读出。结果花了好多天的力气，曾试图改GMX底层代码，看了好多天他的c文件，结果头大。无奈又翻了几遍手册，发现居然有专门读取GMX二进制文件的命令~具体操作如下g...原创 2018-12-27 10:41:01 · 943 阅读 · 0 评论 -
分子动力学系综小结 （转）
系综(ensemble) 是指在一定的宏观条件下(约束条件),大量性质和结构完全相同的、处于各种运动状态的、各自独立的系统的集合。全称为统计系综。系综是用统计方法描述热力学系统的统计规律性时引入的一个基本概念；系综是统计理论的一种表述方式，系综理论使统计物理成为普遍的微观统计理论 ；系综并不是实际的物体，构成系综的系统才是实际物体。约束条件是由一组外加宏观参量来表示。在平衡统计力学范畴下，可以用来...转载 2018-06-09 09:06:54 · 7264 阅读 · 0 评论 -
gromcas 分析NAMD轨迹文件dcd
gromacs计算rmsdg_rms -s first_frame.pdb -f protein-only.dcd-s 参考结构，这里选取轨迹的第一帧。-f 轨迹文件gromacs计算rmsfg_rmsf -s first_frame.pdb -f protein-only.dcd-s 结构文件 -f 轨迹文件gromacs计算make_ndx 选择体系的一部分，以便...原创 2018-12-28 10:49:23 · 2735 阅读 · 0 评论 -
NAMD跑分子动力学模拟出现的一些问题（更新中）
1.能量最小化平衡的时候，如果没有控制好NVT，会出现盒子变小，蛋白跑出水盒子。但是如果仅仅是控制体积不变，又会造成盒子内溶剂密度太小，产生‘Periodic cell has become too small for original patch grid！’这个错误。NVT:# Pressure and volume controluseGroupPressure ye...原创 2018-12-28 10:35:15 · 8073 阅读 · 4 评论 -
matlab读取NAMD轨迹dcd文件
* Example usage *1. alanin.dcd is a DCD file containing 100 frames of a 66 atom trajectory.xyz will be a 100x198 matrix with each row containing coordinates in theorder [x1 y1 z1 x2 y2 z2 ...]&g...原创 2018-12-28 10:30:26 · 1247 阅读 · 0 评论