carma相关命令

carma-分子动力学分析软件

RMSD矩阵

###只有ca原子的RMSD

carma64 -verbose-cross -segid P1 4eiy-com-D-1000.dcd 4eiy-cpwi.psf

carma64 -colour -< carma64.RMSD.matrix

 

二面角PCA

###dPCA，不包含支链的角度

###10是生成的特征向量数，310是温度。segid看PSF文件，链号

carma -verbose-write -color -segid P1 -dPCA 10 3 300 1ggg-ca-20ns.dcd ca.psf

###生成只包含蛋白质的轨迹文件

carma -v -w -fit-atmid ALLID -segid P1 4eiy-com-D-1000.dcd 4eiy-cpwi.psf

##验证是否成功，其中psf文件是只有蛋白质的PSF文件

carma64carma64.fitted.dcd 4eiy.psf

###计算标准的方差协方差矩阵和蛋白质的平均结构

carma64 -v -w -col-cov -dot -super -atmid HEAVY carma64.fitted.dcd 4eiy.psf

###标准化方差协方差矩阵

carma64 -v -w -col-cov -dot -norm carma64.fitted.dcd 4eiy.psf

 

 

###笛卡尔主成分分析

###生成只包含蛋白质的轨迹文件,去除转动和平动

carma -verb -cov-dot -norm -atmid "ALLID" -mass -fit 1ggg-ca-20ns.dcd ca.psf

###在Linux下将轨迹文件重命名

mv carma.fitted.dcd1wdn-fit.dcd

###cPCA

carma -v -w -col-cov -eigen -proj 10 3 300 carma.fitted.dcd ca.psf

awk '{if ($2==1)print $1,$3,$4,$5}' carma.clusters.dat > C_01.dat

carma -v -sortC_01.dat 1wdn-fit.dcd

 

###生成只包含CA原子的轨迹文件,前一步做完修改fit-dcd文件的名字

carma -v -w -fit-segid P1 carma.reordered.dcd ca.psf

###验证是否成功，其中psf文件是只有CA的PSF文件

carmacarma.fitted.dcd CAs.psf

###在Linux下将轨迹文件重命名，可不做

mv carma.fitted.dcdcluster_1.dcd

###计算非标准的方差协方差矩阵和蛋白质的平均结构

carma -v -w -col-cov -dot -super cluster1.dcd ca.psf

###标准化方差协方差矩阵交叉相关矩阵

carma -verb -cov-dot -norm -write ca.psf carma.fitted.dcd CAs.psf

###运动可视化

###Linux下计算

awk '{print $4}'carma.PCA.fluctuations.dat | sort -n | tail -1

awk '{print $4}'carma.PCA.fluctuations.dat | sort -n | head -1

### -45 是上两步计算出来的结果

carma -verb -write-col -cov -eigen -play 3 17.8190956 -12.3353386 cluster_1.dcd ca.psf

mv carma.play.dcdPC3.dcd

###生成基于第一个特征向量的观察运动的PDB文件

carma -v -w -pdbcarma.play.dcd CAs.psf

###整合PDB文件，在linux下,并删除分散的PDB文件

catcarma.play.dcd.*.pdb > eigen_01.pdb

rmcarma.play.dcd.*.pdb

 

 

###计算扭转角度,中间的数字是psf文件中对应的atomid

carma64 -v -torsion12 34 53 98 -atmid ALLID my.dcd my.psf

###生成只包含CA原子的PSF文件

mol load pdb4eiy.pdb

mol load psf4eiy.psf

set sel [atomselecttop "backbone and name CA" ]

$sel writepsfCAs.psf

 

carma64 -verb -write-col -cov -dot -norm protein.psf 1.dcd

 

carma -verb -write-cov -eigen -out 1 1 1 ca.psf 1ggg-ca-20ns.dcd

这是我用到的部分，其余还有很多功能可参考carma的tutorial

可在我的资源中下载