Gene id 转换

最新推荐文章于 2024-10-13 11:46:17 发布

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文章标签：生物信息学

原文链接：https://blog.youkuaiyun.com/weixin_40739969/article/details/89354167

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本文详细介绍了生物学中不同类型的基因ID转换方法，包括Entrez Gene ID到Ensembl ID、UniProt ID、RefSeq ID等之间的转换技巧，旨在帮助科研人员在基因数据处理中更加高效地进行信息整合。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

Gene id 转换(四种基因各种id转换方法)
https://blog.youkuaiyun.com/weixin_40739969/article/details/89354167

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生物信息学之rnaseq转录组分析流程--转换文件中的ensemble id到gene名

高端的博客

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生物信息学之rnaseq转录组分析--转换文件中的ensemble id到gene名如何解决转录组分析中count之后遇到ensemble id的问题一个将ensemble id转换成gene名的python 脚本如何解决转录组分析中count之后遇到ensemble id的问题亲亲们好，我们做生物信息转录组分析的时候，可以走如下流程鸭： 1.获取fastq或者fasta原始文件：获得这些原始测序文件的途径还是挺多的哈，有的可能是你的老师直接放在网盘里；有的需要自己进行数据挖掘，到NCBI啦，GEO啦

Ensembl_id转换与gene symbol

m0_56016177的博客

09-26

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Gene ID 也称Entrez ID/EntrezGene ID ，是 NCBI 使用的能够对众多数据库进行联合搜索的搜索引擎, 其对不同的 Gene 进行了编号, 每个 gene 的编号就是 entrez gene id，就是一串数字，比如：TP53 的Gene ID是:7157。因为entrez ID相对稳定, 所以也被其他数据库, 如 KEGG 等采用。不同物种的同一个基因的Gene ID是不同的。NCBI的RefSeq数据库ID，一般是两个大写首字母，加下划线，后面为数字。两个首字母 ”NC。

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一个非常全的人类基因id转换工具.pdf

02-24

GeoTcgaData中有一个人类基因id转换函数：`id_conversion_vector()`，它支持的id种类非常多，同时与同类软件相比，它的转换率也非常高。此文档是对于这个软件包的使用介绍。

gene id转换

weixin_62528784的博客

09-12

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gene id转换

Gene id 转换(四种基因各种id转换方法)

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04-17

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对于这三种方法的使用参数在代码里面写了，你可以看看先把基因集对应的注释包安装了，并且加载出来 library(org.Hs.eg.db)#这个是属于注释包，每个基因集可能对应的注释包不一样，要从基因集所在的平台找到对应的注释包，然后从bioconductor获取安装。基因集准备 data(geneList, package="DOSE") gene <- names(geneList)...

常用Gene ID转换工具--转载

weixin_34153893的博客

02-13

4814

在自己的研究工作中，经常会遇到一些需要对Gene ID进行转换的情况。目前存在着大量的生物信息数据库，每个数据库都有自己定义的ID命名规则，转换起来实在是一个很大的工作。举个例子，之前构建的Human PPI network, 共选用相关数据库有6个，其中对于蛋白的命名相关的形式多达近10中，耗费了一个多月的时间才完成此ID归一化的过程。当然这个过程中是借助相关的Gene ID Coversion...

gene ID转换

xxxxy314的博客

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Retrieve/ID mapping Enter identifiers, separated by a space or a new line, into the form field, for example: P31946 P62258 ALBU_HUMAN EFTU_ECOLI If you need to convert to another identifi

R语言geneid转换

06-11

在R语言中，`geneid`通常指的是基因ID，可能是实验数据或生物信息学数据库中的一个标识符，用于唯一地表示一个基因。如果你想要在R中进行基因ID的转换，可能涉及到以下几个步骤： 1. 数据加载：首先，你需要确保你...

基因symbol和ID的转换和后续数据处理

一只电饭煲的博客

11-18

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前言在生物信息数据处理过程中，因为很多数据库的基因用的标识符不同，经常遇到基因symbol和ID转换的问题，这里主要介绍利用DAVID这个工具进行标识符之间的转换~ 步骤： 1.进入DAVID（https://david.ncifcrf.gov/）网页 2.选择Shortcut to DAVID Tools–>Gene ID Conversion 3.先导入基因列表，即upload部分 4.提交后，出现下图的界面，可以检查下自己的导入数据 5.重复步骤2选择Shortcut to D

Ensemble ID格式及转换

shy_321的博客

06-17

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目录Ensemble IDEnsemble ID 格式Ensemble ID转换bitrselectbiomaRt 转换参考吐槽 Ensemble ID Ensemble ID 是Ensembl 数据库使用的ID标识符，用于标识不同的分子特征，如基因，转录本，外显子，蛋白。大多数据库都有一套自己的ID命名。ID 主要是为消除歧义，在特征注释或数据库更新时也能保持一致。不像人为命名的分子名字，如基因名字那样可能发生改变。就类似于我们的身份证号, 名字方便于平常的交流使用，ID是独一无二的。 Ensemble

生信基础知识-Entrez ID（基因id转换）

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06-29

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无论是网页版还是R包，建议使用Gene ID，这样就不需要物种的混淆 1. 网站DAVID https://david.ncifcrf.gov/ 写程序的思路：在NCBI或者esemble下载所有的基因ID的文件，如果以后需要，则根据两列关系提取 2. 进入 Gene ID Conversion 工具栏进入转换工具输入转换列表的内容选择物种返回工具页面，...

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weixin_56577499的博客

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点击"选择文件"按钮，上传包含基因ID列表的文件。DAVID（Database for Annotation Visualization and Integrated Discovery 数据库注释可视化与综合发现）是一款全面的生物信息学工具，不仅支持基因功能富集分析，还具备强大的基因ID转换功能，能够将基因ID轻松转换为其他常用的ID类型。的基因ID转换工具，它支持拟南芥、牛、山羊、秀丽线虫、果蝇、斑马鱼、鸡、人、猕猴、小鼠、水稻、大鼠、酵母、番茄、猪、小麦、玉米等18种常见物种基因ID的相互转换。

常用生物信息 ID 及转换方法

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07-11

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众多不同的数据库所采用的对 Gene 和 Protein 编号的 ID 也是不同的, 所以在使用不同数据库数据的时候需要进行 ID 转换. 常用数据库 ID ID 示例ID 来源 ENSG00000116717 Ensemble ID GA45A_HUMAN UniProtKB/Swiss-Prot, entry name A5P...

不同版本gene ID比较

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11-18

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不同数据库采用的Gene 和 Protein 编号 ID 也不同的, 用不同数据库数据时需要 ID 转换. 常用 ID 示例 ID 来源 ENSG00000116717 Ensemble ID GA45A_HUMAN UniProtKB/Swiss-Prot, entry name A5PJB2_BOVIN UniProtKB/TrEMBL, entry name A2BC19, P12345, A0A022YWF9 UniProt, accession number GLA

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08-05

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常用的4中基因ID类型： Gene symbol Entrez ID Ensembl ID Uniprot ID

R语言GeneID转换

Joey_Liu666的博客

05-25

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ENSG-GeneSymbol-GeneID转换读取数据 ##read.delim（）函数读取tsv数据 exp <- read.delim("TCGA-BRCA.htseq_counts.tsv",stringsAsFactors=FALSE) data=data.frame(exp) 基因ID转换 library(stringi)##加载包 data$Ensembl_ID=stri_sub(data$Ensembl_ID,1,15)##保留前15位 # 加载相关包 libr..