FSL、MRICRON预处理DICOM数据，python读取nii,并降采样

最新推荐文章于 2024-11-26 13:25:07 发布

原创

最新推荐文章于 2024-11-26 13:25:07 发布 · 3k 阅读

35 ·

CC 4.0 BY-SA版权

1.FSL和MRICRON预处理DICOM数据

软件安装见：https://blog.youkuaiyun.com/qq_29477893/article/details/89376758。推荐第二种手动安装方法，尝试过几次都一次性安装成功。

步骤：
1）dicom数据转换为nii数据
2）FSL的bet提取大脑
3)FSL的flirt配准到标准大脑模板(/usr/local/fsl/data/standard/MNI152_T1_1mm_brain.nii.gz）

批处理shell脚本

#!/bin/bash

ref="/usr/local/fsl/data/standard/MNI152_T1_1mm_brain.nii.gz" # 标准化空间模板
#mask_ref="/PUBLIC/wangcong/software/model/cerebellar_mask.nii" #标准小脑mask模板
precessing(){
        for subject in $(ls $1)
        do
                echo "处理$1/..."
                echo $subject
                start_time=`date +%s`
                #准备预处理文件夹
                input_mri=$1/$subject
                temp_mri=$2/$subject
                output_mri=$3
                mkdir -p $temp_mri
                mkdir -p $output_mri
                #开始预处理步骤
                echo "dcm转Nii格式..."
                dcm2nii -o $temp_mri $input_mri		#dcm转Nii格式，输出到temp_dti