读取nii数据和降采样

读取NiFTI格式的数据的方法,除了用软件查看图像之外，用代码可以得到整张图像的矩阵，再进一步显示出来
1.Python
安装nibabel包：pip nibabel

import numpy as np
import nibabel as nib
import matplotlib.pyplot as plt



data_path = "i:/ADNI/train/AD/AD_train_1.nii.gz"

img = nib.load(data_path).get_data()  
print(img.shape)

img_2d = img[:, :, 70]  # 取出一张图像
plt.imshow(img_2d) #显示图像
plt.pause(0.001)
N=2
[r,c,h] = img.shape 
dr = round(r/N) 
dc = round(c/N) 
dh = round(h/N)
Idown = np.zeros((dr,dc,dh)) 
p =0
q =0 
w =0
for i in range(0,r,2):
    for j in range(0,c,2):
        for k in range(0,h,2):
            Idown[p,q,w] = img[i,j,k] 
            #print(img[i,j,k])
            w = w+1
        w =0 
        q = q+1  
    q = 0
    p = p+1
print(Idown.shape)    
plt.imshow(Idown[:,:,35])

2.Matlab
原理跟python差不多，需要安装一个工具包Tools for NIfTI and ANALYZE image
安装工具包方法

nii = load_nii( 'i:/ADNI/train/AD/AD_train_1.nii.gz' );  % 装载.nii数据
img = nii.img; 文件有img和head二个部分，其中img部分是图像数据
img_2d = imshow(img(:,:,75),[]);  

参考文章：
1.如何处理.nii文件
2.降采样