nii与nii.gz格式的关系

最新推荐文章于 2025-05-08 17:08:11 发布
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原文链接：https://blog.youkuaiyun.com/ssw_1990/article/details/51996011
本文详细解析了NIfTI与NIfTI.gz格式之间的关系，指出两者本质上相同，只是NIfTI.gz使用gzip进行压缩。NIfTI格式(.nii)是医学图像的标准格式，包含了头文件及图像资料，而NIfTI.gz格式则是其压缩版本，可以直接被某些分析软件(如FSL)读取和写入。

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nii与nii.gz格式的关系

标准NIfTI图像的扩展名是.nii，包含了头文件及图像资料。由于NIfTI格式和Analyze格式的关系，因此NIfTI格式也可使用独立的图像文件[.img]和头文件[.hdr]。单独的.nii格式文件的优势就是可以用标准的压缩软件[如gzip]，而且一些分析软件包[比如FSL]可以直接读取和写入压缩的.nii文件[扩展名为.nii.gz]。

简而言之，nii格式和.nii.gz格式是一个东西，freesurfer中可以直接调用除了dicom和.nii.gz也可以直接调用.nii

读取nii或nii.gz文件中的信息即输出图像
Begining
06-12 1万+
读取nii或者nii.gz文件中的信息，并且输出图像。 import matplotlib from matplotlib import pylab as plt import nibabel as nib from nibabel.viewers import OrthoSlicer3D file = '' #你的nii或者nii.gz文件路径 img = nib.load(file...
读取nii或nii.gz文件中的信息即输出图像操作
09-16
主要介绍了读取nii或nii.gz文件中的信息即输出图像操作，具有很好的参考价值，希望对大家有所帮助。一起跟随小编过来看看吧
简单说明.nii.gz文件数据结构
最新发布
weixin_45805339的博客
05-08 896
NIfTI（Neuroimaging Informatics Technology Initiative）的.nii.gz文件是医学影像领域（如MRI、CT等）广泛使用的数据格式，其本质是NIfTI格式文件（.nii）通过gzip压缩后的版本。
nii格式和nii.gz格式详解
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行走
05-12 2万+
文章目录nii基础hdr/headerExtensionImage坐标体素转换矩阵转换矩阵内部参数概念转换矩阵组成转换矩阵应用nii格式 nii基础 大部分医学领域导出dicom格式，但是太复杂了。很多时候，将dicom转换为nifti格式也就是nii格式。 一个NIFTI格式主要包含三部分：hdr,ext,img。 hdr/header 这部分数据长度是固定的，当然不同版本可能规定的长度不同，但是同一版本的多个nii文件是相同的。 header里包含的信息有： 维度，x,y,z，单位是毫米。还有第四个
一文道尽医学图像 ABIDE 等数据集 .nii.gz 文件类型Python格式化显示以及各个字段含义 (附源码)
Constantiny的博客
11-10 3804
nii.gz 文件通常是医学影像数据的一种常见格式，比如神经影像（如脑部MRI）。这种文件格式通常是经过gzip压缩的NIfTI格式（Neuroimaging Informatics Technology Initiative）。要在Python中查看.nii.gz文件，你可以使用一些专门的库，如Nibabel（NiBabel是用于读取和写入神经影像数据的Python库）和SimpleITK（SimpleITK是一个用于医学影像处理的库）。
【数据处理】Python解析nii.gz文件
风巽·剑染春水的博客
02-27 2312
最近又接触了一种影像数据格式：nii.gz文件，记录一下python读取方式。
颈椎骨头3D分割数据集（nii.gz格式）
06-10
nii.gz格式是医学影像领域常用的存储格式，它是由NeuroImage软件开发的nii格式与gzip压缩算法结合而成，既能保证图像质量，又能减小文件大小，方便数据传输和存储。ITK-SNAP是一款强大的、开源的3D医学图像可视化和...
CT腰椎3D分割数据集（nii.gz格式）
07-02
数据为CT的腰椎分割，加上背景共8类。共有40个样本，以及对应的标签文件。数据标注为nii.gz，可以用ITK-SNAP打开 分割代码：https://blog.csdn.net/qq_44886601/article/details/137345710
切片_nii_nii.gz切片_nii切片_nii图像切片_mri切片多少钱_
09-29
在本讨论中，我们将深入探讨与“nii”和“nii.gz”文件格式相关的内容，以及如何处理这些切片数据。 “nii”文件格式是用于存储MRI和CT扫描结果的标准格式之一，全称为Neuroimaging Informatics Technology ...
腹部14器官分割数据集（基于3D的医学nii.gz格式）
06-13
数据：腹部14器官分割数据集（基于3D的医学nii.gz格式） 共有30个样本，以及对应的标签文件。数据标注为nii.gz，可以用ITK-SNAP打开 类别：0. 背景 1. 脾脏 2. 右肾 3. 左肾 4. 胆囊 5. 食道 6. 肝脏 7. 胃 8. 主...
nii和.nii.gz医学图像数据的读取
mathematican的博客
02-22 1463
nii和.nii.gz医学图像数据的读取 步骤如下： 安装依赖包 pip install nibabel 加载依赖包 import nibabel as nib 读取文件 img = nib.load('file_name.nii.gz').get_data() 显示图片 import matplotlib.pyplot as plt plt.imshow(img)
一文看懂如何用 Python 查看三维数据 (nii.gz格式) 的各种图像参数
Tina姐的博客
08-09 2万+
Python 如何读取CT/MRI数据的大小，值范围，层厚，分辨率等信息 一文看懂如何用 Python 查看三维数据(nii.gz格式)的各种图像参数 编程环境： jupyter notebook 导入所有安装包 import numpy as np import nibabel as nib from ipywidgets import interact, interactive, IntSlider, ToggleButtons import matplotlib.pyplot as plt %mat
nii.gz-图像显示
qq_34525135的博客
03-25 5069
import SimpleITK as sitk import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt flair = r'DATASET/nnUnet_raw/nnUNet_raw_data/Task005_Prostate/imagesTs/prostate_03_0000.nii.gz' flair1 = r'DATASET/nnUnet_raw/nnUNet_raw_data/Task005_Prostate/imagesTr/prostate..
CT图像分割dicom文件与nii.gz文件预处理----窗宽（window width）和窗位（window level）的设置
qq_34616741的博客
08-10 7835
最近被CT图像的值弄得很烦，记录一下。 CT分割也是个很热门的话题，病灶分割，器官分割等。 CT图像大多是两种格式.dcm和nii.gz，当然也有别的，但这里我就不说别的，就说这两种常用的。 .dcm也就dicom文件，采用的是dicom格式。dicom格式是CT和MR图像国际通用的表示格式，这个已经是一个共识了。dicom格式储存了最原始的CT图像信息，它包含了头部和数据部分，具体的格式有兴趣的可以百度dicom的格式详解，这里不展开。 nii.gz格式与dicom的表现形式很像，也是头部加数据部分。 这
python读取nii文件、nii.gz文件
weixin_44669966的博客
04-21 9828
显示标准nii.gz或nii文件 import numpy as np import nibabel as nib from ipywidgets import interact, interactive, IntSlider, ToggleButtons import matplotlib.pyplot as plt %matplotlib inline import seaborn as sns sns.set_style('darkgrid') 查看文件类型 image_path1 = "case0
将医学图像.dcm格式与.nii.gz格式进行一些处理
An_dy_code的博客
09-26 1347
.dcm or .nii.gz 转化为 .png
.nii.gz文件读取方式
板栗的学习日常
12-02 887
".nii.gz"文件是一种常见的用于存储神经影像数据的格式，它通常包含了三维或四维的图像体素数据，以及与磁共振扫描相关的一些重要元数据，比如扫描参数、特征描述等等。而".nii"表示未经压缩的文件格式，而".nii.gz"则表示经过gzip压缩后的文件格式。
如何用python读取医疗影像nii.gz格式的数据
weixin_43348604的博客
07-18 6233
python读取nii格式数据
.nii和.nii.gz（.nii 文件的压缩格式）格式的文件可以用什么软件读取
12-29
### 支持读取 .nii 和 .nii.gz 文件的软件 #### ITK-SNAP ITK-SNAP 是一款用于分割和标注医学影像的应用程序，能够直接打开 nii 格式的文件并提供直观的操作界面来查看原始图像及其对应的 mask 文件[^1]。 #### Python 中的 NiBabel 库 对于编程爱好者或开发者来说，在 Python 编程环境中可以通过安装 `NiBabel` 这一专门针对多种医学及神经科学领域内使用的图像格式（包括但不限于 `.nii`,`.nii.gz`）进行加载、修改以及保存工作的库来进行操作。通过简单的几行代码即可完成对这些特殊格式图片的基本处理任务，比如获取其尺寸大小或者提取其中所含有的实际像素数值等信息[^3]。 ```python import nibabel as nib import numpy as np from pathlib import Path data_path = Path('./path/to/data') example_filename = data_path / 'example.nii.gz' img = nib.load(str(example_filename)) print(f"Shape of the image: {img.shape}") image_data = img.get_fdata() ``` #### 主流 FMRI 分析工具集 多个功能性磁共振成像 (fMRI) 的分析平台也广泛兼容这两种扩展名的数据源文件。具体而言，这其中包括了： - **AFNI**: Analysis of Functional NeuroImages, 功能性脑图谱研究的重要开源项目之一； - **BrainVoyager QX**: 提供全面的功能性和结构性 MRI 数据预处理至高级统计建模等功能； - **FSL (FMRIB Software Library)**: 牛津大学开发的一套完整的 fMRI 处理流程集合； - **SPM (Statistical Parametric Mapping)**: 基于 SPM 方法论构建而成的空间标准化与激活检测框架； 上述四个应用程序均承诺在其最新版本里持续维护和支持 NIfTI-1.1 规范下的输入输出功能，从而确保不同实验室之间科研成果的有效交流共享[^4]。
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