将医学图像.dcm格式与.nii.gz格式进行一些处理

nii格式和nii.gz格式详解 文章目录nii基础hdr/headerExtensionImage坐标体素转换矩阵转换矩阵内部参数概念转换矩阵组成转换矩阵应用nii格式 nii基础 大部分医学领域导出dicom格式,但是太复杂了。很多时候,将dicom转换为nifti格式也就是nii格式。 一个NIFTI格式主要包含三部分:hdr,ext,img。 hdr/header 这部分数据长度是固定的,当然不同版本可能规定的长度不同,但是同一版本的多个nii文件是相同的。 header里包含的信息有: 维度,x,y,z,单位是毫米。还有第四个 阅读详情

介绍

  • .dcm文件是一种医学上用于存储CT、核磁共振等成像方式得到的患者器官图像的文件格式
  • .nii.gz是通过标注软件导出的3D标签(可以看作一个np数组)

我们通过pydicom和nibabel这两个包来辅助我们进行操作

  1. 读取dcm数据并用plt显示

# 读取dcm数据并使用plt显示

# ······································ #
fpath = ""
ds = pydicom.dcmread(fpath)
new_image = ds.pixel_array
scaled_image = (np.maximum(new_image, 0) / new_image.max()) * 255.0
plt.figure(figsize=(10, 10))
plt.imshow(scaled_image, cmap=plt.cm.bone)
plt.show()
2023-06-27-mimics,slicer软件将.nii.gz转为.ply格式 最近学习open3d的可视化drr与三维椎体,需要导入三维椎体的.ply格式,源文件是.nii.gz格式,但是mimics不能导入.nii.gz,所以需要先利用将slicer将.nii.gz导出为.dcm格式。然后再用mimics将.dcm导出为.ply格式。本文主要作为个人笔记。 阅读详情

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