将医学图像.dcm格式与.nii.gz格式进行一些处理

原创

已于 2022-09-26 20:00:41 修改 · 1.3k 阅读

22 ·

CC 4.0 BY-SA版权

文章标签：

#计算机视觉 #图像处理 #opencv

于 2022-09-26 19:49:45 首次发布

本文介绍了如何使用pydicom和nibabel处理医学成像文件，包括将.dcm和.nii.gz文件转换为.png图像格式的过程。文章提供了具体代码示例，帮助读者理解如何读取和转换这些专业文件。

介绍

.dcm文件是一种医学上用于存储CT、核磁共振等成像方式得到的患者器官图像的文件格式
.nii.gz是通过标注软件导出的3D标签(可以看作一个np数组)

我们通过pydicom和nibabel这两个包来辅助我们进行操作

读取dcm数据并用plt显示


# 读取dcm数据并使用plt显示

# ······································ #
fpath = ""
ds = pydicom.dcmread(fpath)
new_image = ds.pixel_array
scaled_image = (np.maximum(new_image, 0) / new_image.max()) * 255.0
plt.figure(figsize=(10, 10))
plt.imshow(scaled_image, cmap=plt.cm.bone)
plt.show()