3、工作于基因组：从高质量到低质量参考基因组的全面解析

工作于基因组：从高质量到低质量参考基因组的全面解析

1. 使用高质量参考基因组

在计算生物学中，许多任务都依赖于参考基因组的存在。如果你正在执行序列比对、寻找基因或研究种群遗传学，你将直接或间接地使用参考基因组。高质量的参考基因组，例如人类基因组，为这些任务提供了坚实的基础。

为了更好地理解和操作这些高质量的参考基因组，我们首先需要了解它们的结构和特点。参考基因组通常以FASTA文件格式提供。FASTA文件是一种简单的文本格式，用于存储核酸或氨基酸序列。例如，恶性疟原虫（Plasmodium falciparum）的基因组是一个小型真核生物基因组，但它仍具有多个染色体的典型特征，因此是一个很好的示例。

准备工作

不同生物的基因组大小差异巨大，从HIV病毒的9.7 kbp到巴黎日本草（Paris japonica）植物的150 Gbp不等。因此，在处理大基因组时，必须特别注意内存和速度的优化。

import matplotlib.pyplot as plt

# 示例数据
sizes = [9700, 22000000, 150000000000]

# 绘制基因组大小对比图
plt.figure(figsize=(10, 6))
plt.bar(['HIV', 'E. coli', 'Paris japonica'], sizes, color=['red', 'green', 'blue'])
plt.title('Comparison of Genome Sizes')
plt.xlabel('Organism')
plt.ylabel('Size (bp)')
plt.