PBS 脚本及 运行

本文涉及：

• PBS 命令
• Shell 命令
• Python 命令

使用命令行运行作业，需要在 HPC 中放好 PBS 脚本。 如何写一个 PBS 脚本，下面以自己的 PBS 脚本为例。

PBS 脚本

PBS 基本命令

笔记：指定作业名（最大15个字符）

#PBS -N Test

笔记：指定 PBS 系统运行程序的节点名和节点数（如：1 个节点，1 个核心）

#PBS -l nodes=1:ppn=24

笔记：指定 PBS 系统运行 30 小时

#PBS -l walltime=30:00:00

笔记：指定作业的队列为 batch 队列

#PBS -q batch

笔记：设置作业的优先级，范围在-1024 ~ +1023,越大优先级越高

#PBS -p 1022

笔记：该参数指定标准错误输出的位置，缺省的情况下，PBS 系统把标准输出和标准错误输出放在用户qsub 命令提交作业的目录下。

#PBS -o /home/physics/output
#PBS -e /home/physics/output_err

笔记：进入工作目录 $PBS_O_WORKDIR

cd $PBS_O_WORKDIR

笔记：打印作业被 PBS 系统指定的作业号，脚本在执行时的作业名，作业队列信息

echo This jobs is $PBS_JOBID@PBS_JOBNAME@$PBS_QUEUE

笔记：逐行打印作业名字到 Test_01.txt 文件中

echo my job id is $PBS_JOBID | tee Test_01.txt

笔记：逐行打印运行的节点

echo run nodes is followomg: | tee -a Test_01.txt

笔记：将 PBS 系统指定的作业运行的节点名写入到 Test_01.txt

cat $PBS_NPDEFILE | tee -a Test_01.txt

笔记：打印运行的开始时间写入 Test_01.txt

echo begin time is 'date' | tee -a Test_01.txt
id='echo $PBS_JOBID|awk -F. '{print $1}' '

笔记：对使用的核心数进行统计

NP='cat $PBS_NODEFILE|wc -l' 

笔记：export 到本作业的环境变量，使用 ScienceTools 环境

export FERMI_DIR=/public/home/yitingfeng/ScienceTools-v11r5p3-fssc-20180124-x86_64-unknown-linux-gnu-libc2.17/x86_64-unknown-linux-gnu-libc2.17

笔记：找到 FERMI_DIR 下的 fermi-init.sh，使 fermi-init 库生效

source $FERMI_DIR/fermi-init.sh

笔记：运行程序

python gtlike-sourceone-530.py 

笔记：打印结束时间

echo end time is 'date' | tee -a Test_01.txt

运行命令

首先登录 Xshell ，已经登录成功界面：

以跑易老师的程序为例：
易老师超算中心目录

如何跑？

使用 2 步切换到运行程序目录

cd ~/DCF
cd ./3FGLJ0303.4-2407

提交作业

qsub <PBS作业脚本>

qsub gtlike-fat-532.pbs

生成一个作业号（运行成功的标志）

4309.admin1

查看作业状态

qstat 4309.admin1 (或者 qstat 4309)

取消作业

qdel 4309.admin1

更改作业队列

qmove high 4309.admin1

更改预计的运行时间

qalter -l walltime=50:00:00 4309.admin1

准备 PBS 脚本？

---

查看服务器所有提交作业状态

qstat

Job Id	name	User	Time Use	S	Queue
作业标识符 PBS 自动指定	作业名	用户名	作业已经运行的时间	作业状态	队列名

---

列出正在运行作业的作业号，作业名，用户，运行时间，队列名信息：

qstat -t

S	作业状态
E	退出
Q	排队
H	挂起
R	运行
C	结束

交换作业顺序

qorder 4299.admin1 4309.admin1

---

使用下面的命令查看所有节点运行状态

pestat

node	state	Load	Rhymem	ncpus	Allmem	Resi	usrs	Tasks	Joblist
节点名	节点状态	节点负载	物理内存数 MB	cpu / 核心数	分配内存数	寄存器数	用户数	作业数	作业列表

state	表示的具体情况：
excel	所有 CPU 资源已经被占用；
busy	CPU 已经接近满负荷运行（次选节点）；
free	全部或部分 CPU 空闲（首选节点）；
offl	已离线（管理员手动指定离线，谁都用不了）。

---

查看队列信息：

qstat -q

Queue	说明
middle	中间
high	高的
batch	批量
low	低的
defaultAp	默认应用程序

---

列出队列的一些隐藏信息

qstat -Q

---

列出 PBS 服务器相关信息：

qstat -B

只有一个管理员，服务器上有 3 个作业，2 个挂起，1 个正在运行。

---

成品

#PBS -N Test
#PBS -l nodes=1:ppn=24
#PBS -l walltime=30:00:00
#PBS -q batch
#PBS -p 1022
#PBS -o /home/physics/output
#PBS -e /home/physics/output_err
cd $PBS_O_WORKDIR
echo This jobs is $PBS_JOBID@PBS_JOBNAME@$PBS_QUEUE
echo my job id is $PBS_JOBID | tee Test_01.txt
echo run nodes is followomg: | tee -a Test_01.txt
cat $PBS_NPDEFILE | tee -a Test_01.txt
echo begin time is 'date' | tee -a Test_01.txt
id='echo $PBS_JOBID|awk -F. '{print $1}' '
NP='cat $PBS_NODEFILE|wc -l' 
export FERMI_DIR=/public/home/yitingfeng/ScienceTools-v11r5p3-fssc-20180124-x86_64-unknown-linux-gnu-libc2.17/x86_64-unknown-linux-gnu-libc2.17
source $FERMI_DIR/fermi-init.sh
python gtlike-sourceone-530.py 
echo end time is 'date' | tee -a Test_01.txt