串行程序PBS脚本

最新推荐文章于 2025-03-15 20:49:32 发布

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#shell #操作系统 #运维

本文详细介绍了一种使用Intel Fortran编译器进行高性能并行计算的方法，包括申请大内存、避免堆栈溢出及常见链接错误的解决策略。同时，提供了关于Vim编辑器的基本操作、PBS作业管理系统常用命令及Linux基础命令的实用指南。

#!/bin/bash
#PBS -N EXCMG32
#PBS -l vmem=63gb

#PBS -q smp
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -j oe
#PBS -M kjpan@yahoo.cn
echo "This jobs is on " $PBS_O_HOST
cd $PBS_O_WORKDIR
ifort Console1.f90 -heap-arrays 1024 -mkl -openmp -O3 -fast -parallel -ipo -o main32 && ./main32>32.results

NOTE: For AVX support, compile with the -xHOST option. Note that -xHOST alone does not enable aggressive optimization, so compilation with -O3 is also suggested. The -fast flag invokes -xHOST, but should be avoided since it also turns on interprocedural optimization (-ipo), which may cause problems in some instances.

Remark:

1)、 #PBS -l vmem=63gb 申请大内存

2)、 -heap-arrays 1024 避开linux中“Stack Overflows in Fortran” 或采用命令: ulimit -s unlimited

3)、Vim常用4操作：Esc(切换命令模式) Insert(切换插入模式) :wq(退出并保存) :q!(退出不保存)

gg:回到文件首行, G:回到文件尾行, dd:删除光标所在行， D:删除光标到行尾的内容
4)、PBS常用4命令：pbsnodes，qstat，qsub，qdel
5)、Linux常用命令：ssh, free, passwd, mkdir, touch, rm -rf, mv

Problem : compiling with -fast or -static causes a linker error "ld: cannot find -lm"

Possible workarounds are:
1) Specify library location using -L option
ifort -static hello.f90 -L /usr/lib/x86_64-redhat-linux5E/lib64/

2) Add the location of libraries to LIBRARY_PATH variable

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