qsub提交到PBS的脚本中不能使用 &(后台运行命令)?!

在使用qsub提交到PBS作业系统的shell脚本中,如果包含&进行后台运行,会导致程序未正常运行。原因是PBS在遇到&时会立即退出脚本,而myprog还没来得及返回结果。解决方案是在使用&后添加wait命令,确保程序执行完毕。

pbs_script.sh

#!/bin/bash -
myprog arg1 arg2 &


直接前台交互运行上面的脚本(即:./pbs_script.sh)时,myprog能正常运行并输出相应结果。但是,如果用qsub提交上面的脚本到PBS作业系统时,myprog却不会被运行。


若去掉后台运行命令&,则提交PBS时myprog也能正常运行。即:

myprog arg1 arg2


其原因在于:

原来的代码,PBS作业系统读取脚本到第二行&处时,将 myprog 交给后台,然后立即退出了该脚本。但是此时扔到后台的myprog还没来得及返回运行结果给PBS。所以造成PBS没有返回myrpog的结果给用户。

据此,任何PBS脚本(即用qsub命令提交给PBS作业系统的shell脚本)中,一旦使用了后台运行命令&,其后一定要加上wait命令。即:

#!/bin/bash -
myprog arg1 arg2 &
wait
这样,PBS读取完第二句后会先等待后台返回myprog的运行结果,然后才退出该脚本。



Thanks for suggests from:  http://biowulf.nih.gov/user_guide.html



<think>嗯,用户问的是在集群上如何使用PBS脚本提交OpenMP任务。我需要先理清楚PBS脚本的基本结构,以及OpenMP任务的特点。OpenMP是基于共享内存的并行,所以任务通常在一个节点内使用多个CPU核心。因此,在PBS脚本中需要正确设置资源请求,比如节点数、每个节点的CPU数量。 首先,PBS脚本的基本部分包括资源请求、工作目录设置、环境变量和任务执行命令。资源请求部分要用#PBS指令,比如节点数应该设为1,因为OpenMP跨节点不行。然后需要指定每个节点的ppn(处理器数量),这取决于任务需要的线程数。比如,如果用户要跑16线程,ppn就是16。不过还要注意内存的需求,可能需要加上内存的申请,比如mem=16gb。 接下来,环境变量部分可能需要设置OMP_NUM_THREADS,这个变量告诉OpenMP使用多少线程。有时候集群的调度器可能需要指定资源绑定,比如使用PBS的-l place=scatter,但可能得用pack或者shared,具体得看集群的设置。可能用户需要把线程绑定到核心上,所以可能还要设置OMP_PROC_BIND或OMP_PLACES。 然后,工作目录的设置,需要用cd $PBS_O_WORKDIR,这样任务会在提交脚本的目录下运行。输出和错误文件的路径也要设置好,比如-o和-e选项。 执行命令部分,用户需要替换自己的可执行文件路径和参数。比如./my_openmp_program input.txt。还要注意是否需要提前加载必要的模块,比如编译器或OpenMP库,可能需要在脚本里加module load命令。 另外,可能要考虑是否需要在PBS指令里指定walltime,否则可能会使用默认值,导致任务运行时间不够被终止。比如-walltime=01:00:00表示1小时。 用户可能的误区是认为OpenMP可以跨节点,所以需要提醒他们节点数必须为1。还有可能忽略线程数的设置,导致资源未充分利用或者竞争。另外,环境变量的设置是否正确也会影响性能,比如OMP_NUM_THREADS是否和申请的CPU数一致。 总结下来,步骤应该是:创建PBS脚本,设置资源请求(1节点,足够ppn),设置环境变量,切换到工作目录,加载必要模块,运行程序。然后使用qsub命令提交脚本。可能需要检查集群的具体配置,比如是否允许单个节点多核,以及资源分配策略。</think>在集群上使用PBS脚本提交OpenMP任务的步骤如下: --- ### 一、PBS脚本基础结构 创建以`.pbs`为后缀的脚本文件(如`openmp_job.pbs`),包含以下核心部分: ```bash #!/bin/bash #PBS -N OpenMP_Job # 任务名称 #PBS -l nodes=1:ppn=16 # 申请1个节点,每个节点16核(按需修改) #PBS -l walltime=01:00:00 # 最大运行时间(时:分:秒) #PBS -o output.log # 标准输出文件 #PBS -e error.log # 错误输出文件 # 设置OpenMP线程数(必须与ppn值匹配) export OMP_NUM_THREADS=16 # 进入提交任务时的工作目录 cd $PBS_O_WORKDIR # 加载所需环境模块(根据集群配置调整) module load intel/2020 # 示例:加载Intel编译器 module load openmpi/4.0 # 示例:加载MPI库 # 执行OpenMP程序 ./your_openmp_program ``` --- ### 二、关键参数说明 1. **资源申请** - `nodes=1:ppn=16`:OpenMP基于共享内存,必须单节点运行 - `walltime`:预估任务运行时间,超时会被系统终止 - `mem`参数(可选):指定内存需求,如`#PBS -l mem=32gb` 2. **环境变量配置** ```bash export OMP_NUM_THREADS=$PBS_NUM_PPN # 自动获取申请的核数 export OMP_PROC_BIND=close # 绑定线程到物理核心 export OMP_PLACES=cores # 明确线程分配方式 ``` --- ### 三、提交与监控任务 1. **提交任务** ```bash qsub openmp_job.pbs ``` 2. **查看任务状态** ```bash qstat -u $USER # 查看当前用户任务 qstat -f <jobid> # 查看具体任务详情 ``` 3. **终止任务** ```bash qdel <jobid> ``` --- ### 四、注意事项 1. **编译时启用OpenMP** ```bash gcc -fopenmp your_code.c -o openmp_program # GCC示例 icc -qopenmp your_code.c -o openmp_program # Intel编译器示例 ``` 2. **性能优化建议** - 通过`numactl`控制内存访问策略 - 使用`KMP_AFFINITY`环境变量调整线程绑定(Intel编译器) - 在单个CPU插槽内运行以获得最佳内存带宽 --- ### 五、示例完整流程 假设已编译生成可执行文件`omp_hello`: ```bash # 创建提交脚本 cat > omp_demo.pbs << 'EOF' #!/bin/bash #PBS -N OMP_Hello #PBS -l nodes=1:ppn=8 #PBS -l walltime=00:10:00 #PBS -j oe cd $PBS_O_WORKDIR export OMP_NUM_THREADS=8 ./omp_hello EOF # 提交任务 qsub omp_demo.pbs ``` --- 通过以上步骤即可在PBS集群上正确提交OpenMP并行任务。实际使用时请根据集群的具体环境(如模块加载方式、编译器版本等)调整脚本参数。
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