38、酶促反应机制与动力学分析

酶促反应机制与动力学分析

1. 反应命名法

酶促反应有特定的命名规则，根据参与反应的化学实体数量来命名，具体如下表所示：
| 反应 | 名称 |
| ---- | ---- |
| A → P | Uni uni |
| A + B → P | Bi uni |
| A + B → P₁ + P₂ | Bi bi |
| A + B + C → P₁ + P₂ | Ter bi |

以一个双底物双产物的基团转移反应（Bi bi反应）为例：E + AX + B → E + A + BX 。这个反应方案引发了一些重要问题，比如底物结合的顺序、基团转移的方式等。基于这些问题，存在三种不同的反应机制：随机有序（Random Ordered）、强制有序（Compulsory Ordered）和双置换或“乒乓”（Double - Displacement or “Ping - Pong”）Bi bi机制。稳态动力学测量的一个主要目标就是区分这些不同的机制。

2. Bi Bi反应机制

2.1 随机有序Bi Bi反应

在随机有序Bi Bi机制中，两种底物都可以先与酶结合，两种产物也都可以先离开。无论哪种底物先结合，反应都会经过一个中间三元复合物（E · AX · B）。
- 底物AX与游离酶E的结合用解离常数K₁₂描述，底物B与E的结合用K₃描述。并且一种底物的结合可能会影响酶对另一种底物的亲和力，所以AX与预先形成的E · B复合物的结合用常数αK₁₂描述，B与预先形成的E · AX复合物的结合用αK₃描述。
- 当B饱和时，αK₁₂等于AX的米氏常数K₁₂’；当AX