5、从头蛋白质亚细胞定位预测

从头蛋白质亚细胞定位预测

1. 现有预测工具介绍

在蛋白质亚细胞定位预测领域，有多个公开可用的工具，以下为你详细介绍：
- LOCtree ：基于Swiss - Prot的第40版进行预测，预测依据包括蛋白质的完整序列、50个残基的N端区域、预测的二级结构以及SIGNALp（针对真核生物）的输出结果。其访问地址为：http://cubic.bioc.columbia.edu/services/loctree/ 。
- Protein Prowler ：基于TargetP的思想构建，并在相同的数据集（Swiss - Prot版本37和38的冗余减少子集）上进行训练。该预测器使用一系列专门用于预测植物或非植物的神经网络和支持向量机（SVM），可将蛋白质分为以下几类：分泌途径（存在信号肽）、线粒体（存在线粒体靶向肽）、叶绿体（存在叶绿体转运肽）和其他。访问地址：http://pprowler.itee.uq.edu.au/ 。
- TargetP ：使用前馈神经网络，分别针对植物和非植物的亚细胞定位（SCL）进行三类和四类预测，预测基于N端氨基酸序列，依据是是否存在叶绿体转运肽（cTP）、线粒体靶向肽（mTP）或分泌途径信号肽（SP）。访问地址：http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/ 。
- WoLF PSORT ：属于PSORT家族的SCL预测器，用于基于氨基酸序列预测真核生物蛋白质的亚细胞定位。它依据多种特征（如氨基酸组成、已知的分选信号和靶向肽的存在等，不同的特征适用于动物、真菌和植物），采