14、集群中OpenMP与隐式数据分布的高效实现

集群中OpenMP与隐式数据分布的高效实现

1. OpenMP与GA程序示例及同步构造翻译问题

首先给出一个OpenMP程序示例及其对应的GA程序示例。在这个例子中,生成的代码基于进程ID计算迭代集。数组A在第二维采用块分布,每个处理器分配一组连续的列。对于全局数组A的非本地元素,通过 get 操作获取并进行同步,循环边界替换为本地边界,之后再通过 put 操作将非本地数组元素放回并同步。

然而,同步构造(如 CRITICAL ATOMIC ORDERED )以及顺序程序部分(并行区域外的串行区域、OpenMP的 SINGLE MASTER )的翻译可能并不简单。在转换为GA程序时,需要在GA进程间插入同步操作。虽然GA有多种同步特性,但转换后的代码可能效率不高。

2. 顺序区域的实现策略

对于OpenMP代码中顺序区域内的语句,包括I/O操作、控制流构造(如 IF GOTO DO 循环)、过程调用和赋值语句,采用以下不同策略进行翻译:
- I/O操作 :直接翻译顺序部分可使用独占主进程执行,适合I/O操作等部分构造。虽然GA允许并行I/O,但将OpenMP顺序I/O转换为GA并行I/O是一个挑战。
- 控制流构造 :如果控制流构造包含或被并行区域

复杂几何的多球近似MATLAB类及多球模型的比较 MATLAB类Approxi提供了一个框架,用于使用具有迭代缩放的聚集球体模型来近似解剖体积模型,以适应目标体积和模型比较。专为骨科、生物力学和计算几何应用而开发。 MATLAB class for multi-sphere approximation of complex geometries and comparison of multi-sphere models 主要特点: 球体模型生成 1.多球体模型生成:Sihaeri的聚集球体算法的接口 2.音量缩放 基于体素的球体模型和参考几何体的交集。 迭代缩放球体模型以匹配目标体积。 3.模型比较:不同模型体素占用率的频率分析(多个评分指标) 4.几何分析:原始曲面模型和球体模型之间的顶点到最近邻距离映射(带颜色编码结果)。 如何使用: 1.代码结构:Approxi类可以集成到相应的主脚本中。代码的关键部分被提取到单独的函数中以供重用。 2.导入:将STL(或网格)导入MATLAB,并确保所需的函数,如DEM clusteredSphere(populateSpheres)和inpolyhedron,已添加到MATLAB路径中 3.生成多球体模型:使用DEM clusteredSphere方法从输入网格创建多球体模型 4.运行体积交点:计算多球体模型和参考几何体之间的基于体素的交点,并调整多球体模型以匹配目标体积 5.比较和可视化模型:比较多个多球体模型的体素频率,并计算多球体模型原始表面模型之间的距离,以进行2D/3D可视化 使用案例: 骨科和生物力学体积建模 复杂结构的多球模型形状近似 基于体素拟合度量的模型选择 基于距离的患者特定几何形状和近似值分析 优点: 复杂几何的多球体模型 可扩展模型(基于体素)-自动调整到目标体积 可视化就绪输出(距离图)
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