一个微信公众号【原子与分子模拟】

往期内容主要涵盖：文献分享 + 熔化温度 + 分子动力学 + 第一性原理计算 + 数据处理程序

【1】文献分享 + 熔化温度 + 机器学习 + 第一性原理计算 + 分子动力学相关内容

1. 【文献分享】分子动力学模拟 + LAMMPS + 熔化温度 + 晶体缺陷 + 熔化方法

2. LAMMPS 文献：金属熔化行为的局域原子结构模拟与分析

3. LAMMPS 文献：9 种熔化温度模拟方法的总结与比较（三）：两相方法、单相方法以及缺陷方法

4. LAMMPS 文献：使用两相法计算熔化温度的软件（二）

5. LAMMPS 文献：使用两相法自动计算熔化温度的软件（一）

【2】文献分享 + 机器学习 + 第一性原理计算 + 分子动力学相关内容

1. 【文献分享】机器学习 + 分子动力学 + 第一性原理 + 微观结构 + 热力学性质（密度、热容、热导率和粘度）

2. 【文献分享】机器学习 + 分子动力学 + 第一性原理 + 热力学性质 + 微观结构

3. 【文献分享】机器学习 + 分子动力学 + 第一性原理计算 + P-T 相图

4. 【文献分享】机器学习 + 分子动力学 + 第一性原理计算 + 热力学性质（熔化温度 & 热导率 & 热膨胀系数）

【3】文献分享 + 第一性原理计算 + 数据处理程序

1. SMATool 程序：VASP + QE + 零温 + 有限温度 + 拉伸、剪切、双轴、维氏硬度的计算

2. ElasTool v3.0 程序：材料弹性和机械性能的高效计算和可视化工具包

3. VELAS 程序：用于弹性各向异性可视化和分析

4. Phasego 程序：用于自动计算和绘制相图

5. 可视化软件 GDIS 软件：第一原理计算/VASP + 结构预测/USPEX

6. VASPMATE：集成用户界面程序 + 高通量计算

7. TRACK：使用 Kubo 计算相关电子系统传输特性的 Python 代码

8. 弹性各向异性后处理软件 ElASTool（四）：可以计算弹性常数随温度的变化关系

9. 弹性各向异性后处理软件（三）

10. 弹性各向异性后处理软件 ElATools（二）

11. GULP 案例 3 代码解释：计算弹性常数以及弹性模量二维/三维投影图的绘制

【4】文献分享 + 分子动力学模拟 + 数据处理程序

1. viewSq 程序 ：可视化分子动力学（VMD）模块 +  分析 X 射线和中子结构因子

2. freud 程序: 用于原子模拟数据的高通量分析

3. HBCalculator 程序：通过 VMD 可计算分子动力学模拟中氢键密度和强度的一维和二维分布

4. DensityCalculator 程序（1D & 2D）：通过 VMD 可计算 LAMMPS 轨迹的密度（一）

5. 分子动力学模拟—LAMMPS 模拟（固体和液体）数据后处理软件（六）: mdapy

6. 分子动力学模拟—LAMMPS 液体模拟数据后处理软件（五）: LiquidLib

7. 分子动力学模拟—LAMMPS 数据后处理软件（四）: Lindemann Index

8. H-A键对分析程序strfac  ：分子动力学模拟—LAMMPS 数据后处理软件（三）

9. 分子动力学模拟—LAMMPS 数据后处理软件（二）

10. 分子动力学模拟—LAMMPS 数据后处理软件

11. LAMMPS 文献：使用两相法计算熔化温度的软件（二）

12. LAMMPS 文献：使用两相法自动计算熔化温度的软件（一）

13. 键序参数分析程序——Bond Order Parameters

14. 一个用于分析轨迹文件（LAMMPS）的VMD插件：可分析数密度、质量、电荷和电子分布

15. 晶体结构轨迹（VASP、LAMMPS）分析后处理程序 ISAACS

16. 安装教程：结构轨迹后处理程序ISAACS

【5】文献分享 + VMD + 数据处理程序

1. viewSq 程序 ：可视化分子动力学（VMD）模块 +  分析 X 射线和中子结构因子

2. HBCalculator 程序：通过 VMD 可计算分子动力学模拟中氢键密度和强度的一维和二      维分布

3. DensityCalculator 程序（1D & 2D）：通过 VMD 可计算 LAMMPS 轨迹的密度       （一）

4. 一个用于分析轨迹文件（LAMMPS）的VMD插件：可分析数密度、质量、电荷和电子分布

【6】文献分享 + 分子动力学模拟 + LAMMPS 输入文件

1. 关于一篇带有 LAMMPS 输入文件的文章（三）

2. 关于一篇带有 LAMMPS 输入文件的文章（二）

3. 关于一篇带有 LAMMPS 输入文件的文章

4. 表面能的计算 & lammps输入脚本 (二)

5. 表面能的计算 & lammps输入脚本(一)

6. 表面能的计算 & lammps输入脚本

【7】晶格动力学 + GULP 软件

1. 一个与 GULP 相关的软件《ParamGULP》

2. 势函数的拟合方式有哪些？GULP 软件可以做什么？

3. GULP 案例 4：如何计算热力学性质（热容、熵、焓、自由能等）？

4. GULP 案例 3：如何计算弹性常数？

5. GULP 案例 2：如何计算相变压力？

6. GULP 案例 1：如何计算声子色散曲线和态密度？

7. 晶格动力学 GULP 软件的安装步骤

8. GULP 案例 3 代码解释：计算弹性常数以及弹性模量二维/三维投影图的绘制

9. GULP案例 2 代码解释：计算相变压力

10. GULP案例1代码解释：声子色散曲线和态密度的计算

11. 晶格动力学程序 GULP

【8】其他杂类内容

1. 利用 Vesta 软件绘制团簇构型 ICO多面体（二）

2. 利用 OVITO 软件绘制团簇构型 (ICO, BCC, HCP, FCC及SC 多面体)

3. 这个网址可以检索某位作者发表的所有文章

4. 英语润色：DeepL Write 人工智能写作助手

5. Origin中将 x、y 轴设置为等长度

6. Ovito 技巧：筛选体系中特定种类的原子

7. 号称全世界最准确的翻译工具：DeepL

8. 分享几个查找势函数的网站以及查找晶格常数的网站/软件

9. 七大晶系的力学稳定性判据（很全面）

10. 如何提取文献中的“曲线”数据？

11. 怎么做到文献检索的“全”与“准”？

12. 怎么做到文献检索的“全”与“准”？

13. ​关于我们：原子与分子模拟

微 信 公 众 号：原子与分子模拟获取，欢迎大家关注。