Ovito 技巧:筛选体系中特定种类的原子

本文介绍了OVITO这款强大的分子动力学模拟软件,详细讲解了如何在该软件中选择特定原子以及使用DensityProfileTool进行数密度分析。提供ZnO案例作为操作指南,欢迎关注原子与分子模拟微信公众号获取更多相关资源。

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OVITO 是一款功能强大的分子动力学模拟软件,能够帮助用户轻松进行各种分子动力的模拟,为研究分子之间的运动提供了帮助。软件操作操作简单便捷,非常适合需要研究分子动力学的用户,满足用户的各种分子运动研究需求。

对于体系中有多种原子,如何选择指定的原子?

以 ZnO 为例进行说明操作步骤:

选择 “Select style” 菜单

Figure 1

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选择 “Delected selected” 菜单

Figure 2

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进行原子种类的选择

Figure 3

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√选择一种原子就是删除一种原子

Figure 4

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Figure 5

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Figure 6

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Figure 7

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采用 Density Profile Tool 进行数密度分析:

这个后处理软件可以计算数密度、质量、电荷电子分布等性质。

ZnO 原子数密度分析

Figure 8

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ZnO 原子数密度分析

Figure 9

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Zn 原子数密度分析

Figure 10

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O 原子数密度分析

Figure 11

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