明明我有高端显卡，为什么 GROMACS 就是不在 GPU 上跑？

今天讲一个 GROMACS 使用中的经典坑。很多朋友私下跟我抱怨过：明明我机器上有一张顶级显卡，跑起来却慢得像蜗牛；GPU 占用度甚至不足 1%（明明手动加了 -nb gpu），跑得还不如以前的老显卡快。

一开始大家都以为显卡坏了，其实根本不是——原因只有一个：你忘了设置 -ntomp。

来科普一下：

• -nb gpu：告诉 GROMACS 用 GPU 加速非键相互作用计算。

• -ntomp：控制 CPU 的 OpenMP 线程数

如果你不设置-ntomp，GROMACS 会自动占满你机器上1/2 CPU 线程（如果总数不超过64倒不必担心这种情况）。可一旦总线程数超过96，则会出现CPU 忙得不可开交，GPU 根本没机会插手的情况。

解决办法其实很简单，指定调用的线程数即可。举个例子：

gmx mdrun -s topol.tpr -deffnm md -nb gpu -ntomp 16

小技巧：线程数不要设太大，通常选核心数16-32范围附近。

给大家一个参照：我的设备有128个线程，通常跑单个MD任务时我会把-ntomp设置为16。另外还有一点切记！设置的数字最好是偶数，不要设为奇数！！！