8. 基础知识
此部分描述了如何使用 LAMMPS 为用户和开发人员执行各种任务。术语表页面还列出了 MD 术语,以及相应 LAMMPS 手册页的链接。 LAMMPS 源代码分发的 examples 目录中包含的示例输入脚本以及示例脚本页面上突出显示的示例输入脚本还展示了如何设置和运行各种模拟。
8.1.通用基础知识
8.2. 设置入门
8.3. 分析入门
8.4. 力场入门
8.4.1. CHARMM、AMBER、COMPASS 和 DREIDING 力场
8.4.2. AMOEBA 和 HIPPO 力场
8.4.3. TIP3P 水模型
CHARMM (MacKerell)中实现的 TIP3P 水模型指定了 3 个位点的刚性水分子,其中的电荷和 Lennard-Jones 参数分配给 3 个原子中的每一个。
本文详细介绍了如何在LAMMPS中使用TIP3P水模型进行模拟,包括设置通用基础知识、入门级设置、力场选择,如CHARMM和AMBER等,以及如何配置和运行带有刚性键的模拟过程。
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