conda与fastANI

最新推荐文章于 2024-07-27 14:32:49 发布

筱贺学生信

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文章标签： conda python 深度学习

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/m0_70166478/article/details/130790018

版权

参考网址：https://github.com/ParBLiSS/FastANI

需要python3.6版本

conda环境版本过高需要降低版本

直接创建一个python3.6的环境

conda create -n py36 python=3.6

fastANI安装

conda install -c bioconda fastani
conda install -c "bioconda/label/cf201901" fastani

fastANI命令详解

fastANI -h #帮助文档

运行

fastANI -q genome1.fa -r genome2.fa -o output.txt # 单个基因组之间相互比对

fastANI -q genome1.fa --rl genome_list.txt -o output.txt# 多个基因组之间相互比对

参数

参数：

-q, --query：查询基因组核苷酸序列，可以试fasta/fastq及其gzip压缩文件
-r, --ref：参考基因组核苷酸序列，可以试fasta/fastq及其gzip压缩文件
–rl, --refList：包含参考基因组列表的文件，从而允许多个参考基因组
–ql, --queryList：包含查询基因组列表的文件，从而允许多个查询基因组
-t, --threads：程序运行所使用的核数，默认为1
-k, --kmer：比对的kmer大小，不能大于16，默认为16
–fragLen：片段长度，默认为3000
–minFrag：最短匹配的片段，默认为50
–visualize：输出比对图像，只适用于一对一比对，默认关闭
–matrix：输出ANI值作为下三角矩阵，适用于多对多比对，默认关闭
-o, --output：输出文件名

控制台输出的日志

$ ./fastANI -q data/Shigella_flexneri_2a_01.fna -r data/Escherichia_coli_str_K12_MG1655.fna -o fastani.out 
>>>>>>>>>>>>>>>>>>
Reference = [data/Escherichia_coli_str_K12_MG1655.fna]
Query = [data/Shigella_flexneri_2a_01.fna]
Kmer size = 16
Fragment length = 3000
Threads = 1
ANI output file = fastani.out
>>>>>>>>>>>>>>>>>>
....
....
INFO, skch::main, Time spent post mapping : 0.00310319 sec

输出保存在文件中，上面使用该选项提供

fastani.out-o

$ cat fastani.out
data/Shigella_flexneri_2a_01.fna data/Escherichia_coli_str_K12_MG1655.fna 97.7507 1303 1608

上述输出意味着弗氏链球菌和大肠杆菌基因组之间的ANI估计值为97.7507。在来自弗氏链球菌基因组的总共1608个序列片段中，有1303个被排列为直系同源匹配

可视化保守区域黑白两个基因组

FastANI支持两个基因组之间计算的倒数映射的可视化。如上所述，获取此可视化需要使用 FastANI 进行一对一比较，但应提供其他标志。此标志强制 FastANI 输出一个映射文件（带扩展名），其中包含所有倒数映射的信息。最后，存储库中提供了一个 R 脚本，该脚本使用 genoPlotR 包来绘制这些映射。在这里，我们展示了使用两个基因组的示例运行：五日巴尔通体（GenBank：CP003784.1）和汉赛巴尔通体（NCBI参考序列：NC_005956.1）。 --visualize.visual

$ ./fastANI -q B_quintana.fna -r B_henselae.fna --visualize -o fastani.out
$ Rscript scripts/visualize.R B_quintana.fna B_henselae.fna fastani.out.visual