【失败日志】fastANI(for dRep)的安装遇到的依赖项问题

作者描述了在尝试使用fastANI时遇到的问题,包括版本兼容性问题和依赖查找失败。最终转向ANImf并提到在conda环境下安装1.3.1版本fastANI的困难。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

总而言之,fastANI的尝试暂告失败,于是我放弃了,选择使用ANImf

也即使用命令:

time dRep dereplicate dRep_file -g bins_all/* -p 40 --S_algorithm ANImf -comp 90 -con 5

然后发现对于我bins的90完整度5污染程度(输入即是这样,因为已经提前checkm了),0.95的相似度,并没有哪个冗余被去除了。

记录一下失败的挣扎历程

dRep的安装

我的dRep是pip install安装的,安完就直接跑了,跑了几个小时后发现fastANI未找到(如果环境中没有mash同样会卡住哈,而且mash的报错会比fastANI先出现,我mash后面也是用conda安装的,没有问题)。但输入dRep check_dependencies之后,发现能够找到fastANI的location,但是fastANI的check仍然是ERROR。

查看issue 

找不到快速ANI文件错误 ·问题 #210 ·奥姆先生/德雷普 ·GitHub

 发现建议把fastANI版本降到1.3.1

我原先的fastANI是conda装的(1.3.4),(这个fastANI似乎没有参数可以从终端调出版本号)

先运行conda remove --name dRep fastani把1.3.4版本卸了,但不知为何在卸载的输出中这里显示的是1.1?

Fastani :: Anaconda.org(这是最新版本1.3.4)

1.3.1版本的历史发行↓

Releases · ParBLiSS/FastANI (github.com)

然而愚蠢的我不会用cmake,而且我的服务器没有找到boost。。。make之后在FastANI-1.31文件夹中fastANI也调用不起来。。若有善心人士可以在回复里教教教我的话不胜感激。。。从网上直接下载二进制的fastANI文件替换也不行。

所以我仍然在conda中寻求解决方法

总之,conda search fastani -c bioconda,找到conda有的fastani的版本。

 conda install fastani=1.31 -c bioconda

也遇到conflict不成功

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