本文介绍了如何利用Samtools工具对DNA序列进行索引和提取操作。首先通过`samtools faidx`命令创建.fai索引文件，然后演示了如何提取整个序列和特定区间的序列到新的FASTA文件中。
1.faidx
首先要先对目标序列进行一次索引
samtools faidx input.fna生成fa.fai格式的文件
对序列进行提取
samtools faidx input.fna chil > chil.fa对序列的一部分进行提取
samtools faidx input.fna chire 100 - 200 > chire.fa 100 - 200
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