bio PICRUSt 分析（16S预测功能）

最新推荐文章于 2025-02-05 10:20:38 发布

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本文档提供了PICRUSt (Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction of Unobserved States) 的详细介绍，包括官方网址、源码地址及在线版本链接。内容覆盖了使用conda进行快速安装的方法、手动安装所需的依赖库及环境配置步骤，并指导如何下载必要的数据库文件以进行微生物群落功能预测的标准化和预测分析。

部署运行你感兴趣的模型镜像

介绍 https://picrust.github.io/picrust/index.html
源码 https://github.com/picrust/picrust
galaxy 在线版本 http://huttenhower.sph.harvard.edu/galaxy/

安装教程 https://picrust.github.io/picrust/install.html#install

# conda 安装
conda install -c bioconda picrust
#下载数据库文件
download_picrust_files.py

# 手动安装 准备环境 ###########################
pip install numpy==1.5.1
##后面用到h5py
sudo apt-get install libhdf5-dev
sudo apt-get install python-h5py
##如果运行脚本遇到numpy相关的问题，更新几个相关的库
pip install --upgrade numpy scipy pandas

## github 下载解压
wget https://github.com/picrust/picrust/releases/download/1.1.0/picrust-1.1.0.tar.gz
tar -xzf picrust-1.1.0.tar.gz
cd picrust-1.1.0
#下载好的 **16S拷贝数** 及ko文件放在picrust/data文件夹
wget http://kronos.pharmacology.dal.ca/public_files/picrust/picrust_precalculated_v1.1.3/13_5/16S_13_5_precalculated.tab.gz
wget http://kronos.pharmacology.dal.ca/public_files/picrust/picrust_precalculated_v1.1.3/13_5/ko_13_5_precalculated.tab.gz
sudo python setup.py install