五月的田野

常用的高效率命令软件，命令图片格式（jpg png tiff pdf）之间转化# ImageMagick # pdf 转换为jpgconvert -density 300 file.pdf file.jpg# 转化为黑白图（灰度图）convert -density 288 a.pdf -resize 75% -colorspace GRAY out.pngPDF处理（...

echo 选项列表选项 描述-n 不输出末尾的换行符。-e 启用反斜线转义。/b 退格// 反斜线/n 新行/r 回车/t 水平制表符/v 垂直制表符/a 选项会听到声音警告。...

官网介绍 https://www.sqlite.org/cli.html菜鸟教程 http://www.runoob.com/sqlite/sqlite-tutorial.html常用函数 http://www.runoob.com/sqlite/sqlite-functions.htmlsqlite 是一个轻量级数据库引擎，ubuntu自带操作命令行sqlite3 命令都是以.开...

修改默认的shell为zsh 主题选择参考： https://github.com/robbyrussell/oh-my-zsh/wiki/themeschsh -s /bin/zsh# oh my zsh http://ohmyz.sh/wget https://github.com/robbyrussell/oh-my-zsh/raw/master/tools/install.s...

fdisk命令，不支持大硬盘（支持2T以下）fdisk -l #查看硬盘信息sudo fdisk /dev/sdb# a toggle a bootable flag 将分区设置为启动区 # b edit bsd disklabel 编辑bsd的disklabel # c toggle the dos compatibility flag 设置该分区为...

grep (global search regular expression(RE) and print out the line,全面搜索正则表达式并把行打印出来)是一种强大的文本搜索工具，它能使用正则表达式搜索文本，并把匹配的行打印出来。grep [-acinv] [–color=auto] ‘搜寻字符串’ filename 选项与参数： -a ：将 binary 文件以 te...

kill https://www.cnblogs.com/rsky/p/4886043.html ps https://blog.youkuaiyun.com/vip_wangsai/article/details/72616587# 杀死进程kill -9 pidpgrep -l bwa //根据名字搜索pkill bwa //根据名字killkillall chrome# 使用...

#!/bin/bashif [ $# -lt 3 ];then echo "替换PDF中的颜色，根据RGB值" echo 示例：$0 i.pdf o.pdf \"0,0,255,255,80,83 255,255,255,0,0,25\" echo "3个参数：1.输入 2.输出 3.双引号6个一组，替换颜色，空格分开" exit fi

ubuntu 默认的包管理工具是apt-get，aptitude CentOS 用的是yumapt-get aptitude 软件安装apt-get update #更新包列表apt search search_string #搜索包的信息apt show package #显示有关包的本地缓存信息apt-get install package #从存...

命令提示符vi ~/.bashrc# 账号 时间 文件夹PS1="\[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m\]\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\e[0m\]"ls文件及目录颜色alias ls='ls -hF --color=tty'文件颜色代...

为了方便自己检索 转自：https://blog.youkuaiyun.com/zl87758539/article/details/77481679?locationNum=10&fps=1[ ] 需要匹配的时候，需要转义(这个是叛徒)echo "[ ]"|sed 's/\[.*\]/aaa/g'( ) 需要匹配的时候，不要转义echo "( )"|sed 's/( )/c/g'{...

http://www.sqlitetutorial.net/ https://www.sqlite.org/cli.html 在shell终端使用sqlite3# 创建表create table if not exists accession(accession text,accession_version text,taxid text,gi text);# 创建索引cre...

正确的在脚本中使用 while read 可以得到诸多好处, read 命令从标准输入中取得输入存入变量. 使用 read 的脚本都可以获得 linux pipe 的所有优点. 将你的脚本放入管道while read host ip; do echo "$host ip is $ip";done比如这个脚本名叫 echo_host_ip.sh. 再有一个文件 host_info...

date 获取当前时间# 计算间隔时间time1=$(date +%s) sleep 10echo 序列优化 `date` `expr $(date +%s) / 60 - $time1 / 60`min >> times.txttime1=$(date +%s)

https://www.bilibili.com/video/av13393853http://www.runoob.com/regexp/regexp-metachar.html## 正则表达式学习提取替换有规律的字符串- 工具 RegexBuddy* 任意长度的字符？ 任意长度为1的字符## 元字符. 除换行符以外的任意字符\w 字母 数字 下划线\s 空白...

&> 和>的区别&> 等如 2>&1 > 等如 1> 1 是 STDOUT, 2 是 STDERR, 2>&1 就是 STDOUT 和 STDERR

shell脚本的默认变量1. $0 代表执行脚本的名字 2. $1、$2、$3 分别代表各个顺序的参数（第一个参数、第二个参数以及第三个参数） 3. $@ 代表$1、$2、$3之意，每个变量都是独立的（用双引号括起来） 4. $# 代表参数的个数 5. $$ 代表当前脚本的运行进程ID（PID） 6. $? 代表执行完上一个指令的执行结果（如上面脚本， 仔细对比两个$?，前者的...

fasta序列条数统计统计大于号开始的行数# 通过搜索>的数量grep -c '^>' myFasta.fasta#seqkit统计提取seqkit stats t.fa -T | grep -v file | cut -f 4fastq序列条数统计压缩格式解压，统计行数除以4# 通常以fastq.gz格式压缩zcat input.fastq.gz |...

生信流程中前后不互相影响的命令（就是后面的流程不依赖前面的输出）可以使用多线程的方式进行处理，可以大大的节省时间。方式：shell 的for循环do与done之间的代码使用{ }&放在后台执行，然后加上 wait，前面的都执行完后才会执行wait后的命令。 代码如下：for num in `seq 1 10`do{ sleep 1 echo ${num}} &amp...

方式1 ${}取字符串记忆方法：（3个字符键盘位置 #$%,#是从左向右、%是从右向左） 一个 # % 是匹配第一个，两个 ## %% 是匹配最后一个# 定义一个字符 filefile=/dir1/dir2/dir3/my.file.txt# 我们可以用 ${} 分别替换获得不同的值：${file#*/} ：拿掉第一条 / 及其左边的字符串：dir1/dir2/dir3/my.f...

命令详解pigz 高效多线程，可代替gzip# 压缩：pigz：用法-9是压缩比率比较大，-p是指定cpu的核数。tar cvf - mydir | pigz -9 -p 24 > file.tgz# 解压: pigz -d file.tgzpigz -dc file.tgz # cat的形式打印出来Options: -0 to -9, -11 ...

前5行#结果 介绍 前五行是当前系统情况整体的统计信息区top - 10:03:56 up 26 min, 1 user, load average: 0.00, 0.00, 0.00# 当前时间 持续运行时间 用户数 分别为 1 5 10 分钟的负载情况Tasks: 101 total, 1 running, 100 sleeping, 0 sto...

#正则表达式的一些最基本的东西：^ 表示一行的开头。如：/^#/ 以#开头的匹配。$ 表示一行的结尾。如：/}$/ 以}结尾的匹配。\< 表示词首。 如：\<abc 表示以 abc 为首的詞。\> 表示词尾。 如：abc\> 表示以 abc 結尾的詞。. 表示任何单个字符。* 表示某个字符出现了0次或多次。[ ] 字符集合。 如：[abc] 表示匹配a或b或c...

https://coolshell.cn/articles/9104.htmlsed 编辑，sed全名叫stream editor，流编辑器#用s命令替换 并没有对文件的内容改变sed "s/my/you/g" pets.txtsed -i "s/my/you/g" pets.txt # 使用 -i 参数直接修改文件内容：sed 's/fpdiffs

# 生成文件的MD5$ md5sum file1 file2>f1f2.md5f1f2.md5内容为,第一列为MD5值，第二列为文件名348bd3ce10ec00ecc29d31ec97cd5839 file1 d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e file2# 检验文件的MD5$ md5sum --check f1f2.md5file1: ...

安装命令sudo apt-get install pack #可以更换源： /etc/apt/sources.listsudo gdebi pack.deb #安装deb软件# python pip install -i https://pypi.douban.com/simple pandas #更换源：~/.config/pip/pip.conf# index-url ...

http://blog.youkuaiyun.com/hongweigg/article/details/52606492常用判断条件-z "$str" #判断字符串为空-f /home/builder/.profile #判断文件是否存在！ -f /home/builder/.bash_profile # 逻辑非在语句前加“!”符号。分类： 1.关系运算符 2.布尔运算 3.逻辑运...

wget 下载# 下载有密码的 ftp 文件wget ftp://ftpdomain.cn:2300/Data/1.tar.gz --ftp-user=usname--ftp-password=abcd

http://man.linuxde.net/zipzip (参数选项) (A.zip) (文件夹或文件)-A：调整可执行的自动解压缩文件；-b<工作目录>：指定暂时存放文件的目录；-c：替每个被压缩的文件加上注释；-d：从压缩文件内删除指定的文件；-D：压缩文件内不建立目录名称；-f：此参数的效果和指定“-u”参数类似，但不仅更新既有文件，如果某些文件原本不存在于...