常见的医疗数据归类

最新推荐文章于 2024-09-25 16:38:16 发布

lryjy

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分类专栏：医疗图像文章标签：神经网络

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/lryjy/article/details/114626077

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DICOM和NIFTI：

DICOM类型的文件后缀为dcm，常用的python处理库有：SimpleITK, pydicom库。
NIFTI类型型的文件后缀为nii或nii.gz(压缩格式)，常用的python处理库有：SimpleITK, nibabel库。

对于nii格式的图片，SimpleITK,nibabel中常用的api接口，都会自动的进行上述转化过程，即取出来的值已经是Hu了。
对于dcm格式的图片，SimpleITK, pydicom常用的api接口都不会将原始数据自动转化为Hu！！(itk snap软件读入dcm或nii都不会对数据进行scale操作)

公式与代码

HU = pixel_val*slope+ intercept
其中，slope,intercept可以从原数据中读取

def get_pixels_hu(ct_array,slope,intercept):
    if slope != 1:
        ct_array = slope * ct_array
    ct_array += intercept
    return ct_array

引用https://blog.youkuaiyun.com/weixin_44058333/article/details/102923921

nii/nii.gz

原数据中保存的Get size = (x,y,z) 但是 data.shape = (z , y, x )
在sitk对象中，GetSize()得到的是：[x, y, z] —> [width, height, depth]
而numpy中，shape为:[z, y, x] —> [depth, heitht, width]。

nrrd

·在pynrrd中nrrd.read(path)中得到的data.shape为（x，y， z）。
·在options里面的size：（y，x，z）
·nrrd_data：保存图片的多维矩阵
·nrrd_options：保存图片的相关信息

nrrd_data, nrrd_options = nrrd.read(nrrd_filename)

一个意外发现：基于nrrd的数据，也可以用Simpleitk读取哦，然后读取后的形状规则和上面的其它格式文件的规则相同，这样省了很多时间和精力啊。