转录组：WGCNA包使用报错

最新推荐文章于 2024-08-31 11:02:49 发布

楚鸿

最新推荐文章于 2024-08-31 11:02:49 发布

阅读量5.8k

点赞数 27

分类专栏：转录组文章标签： WGCNA报错转录组

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/liyunfan00/article/details/91686840

版权

转录组专栏收录该内容

1 篇文章

订阅专栏

在使用R包WGCNA进行转录组加权基因共表达网络分析时，遇到与其它包冲突导致的错误。文章详细解释了错误原因，并提供了解决方案，包括如何临时替换冲突的功能。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

转录组：WGCNA包使用报错

在转录组加权基因共表达网络分析（WGCNA）时，使用R包“WGCNA”，安装包的方法为：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
#biocLite(c("AnnotationDbi", "impute", "GO.db", "preprocessCore")) ##如果已经下载过了，此处就不用下载
biocLite("WGCNA")

在使用“blockwiseModules”函数一步法构建共表达矩阵时，报错：

Error in (new("standardGeneric", .Data = function (x, y = NULL, use = "everything",  : 
  unused arguments (weights.x = NULL, weights.y = NULL, cosine = FALSE)

原因为：WGCNA与其他软件包之间存在冲突。另一个包在run r studio中的WGCNA中具有与另一个相同的功能。WGCNA有自己的功能“cor”，这与命名空间中的“cor”相关联。
解决方法为：在使用该函数之前暂时重新分配功能，见下方正确用法

cor <- WGCNA::cor
net = blockwiseModules(
  datExpr,
  power = sft$powerEstimate,
  maxBlockSize = 6000,
  TOMType = "unsigned", minModuleSize = 30,
  reassignThreshold = 0, mergeCutHeight = 0.25,
  numericLabels = TRUE, pamRespectsDendro = FALSE,
  saveTOMs = TRUE,
  saveTOMFileBase = "AS-green-FPKM-TOM",
  verbose = 3
)
table(net$colors)
cor<-stats::cor

注意用完后要改回原来的！！！