trim_galore

最新推荐文章于 2024-10-01 10:38:58 发布
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#转录组分析 #linux 

perl /public/software/trim_galore_zip/trim_galore -q 25 --stringency 5 --dont_gzip --fastqc --retain_unpaired -r1 31 -r2 31 --length 30 -o ./ --paired 
--phred33 -a adaptor1 -a2 AGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGTAGATCTCGGTGGTCGCCGTATCATT *_R1.fastq.gz *_R2.fastq.gz


biolxy
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Trim_Galore_User_Guide
生物信息学
12-23 1343
是一个强大的工具，专门用于高通量测序数据的质量控制和适配器修剪。它特别适用于 RRBS（Reduced Representation Bisulfite Sequencing）数据，但也适用于其他类型的测序数据。通过一系列的修剪步骤，Trim Galore!能够有效去除低质量碱基、适配器序列和短序列，从而提高后续分析的准确性和可靠性。
TrimGalore:Cutadapt和FastQC的包装器，可将适配器和质量修整一致地应用于FastQ文件，并具有RRBS数据的附加功能
05-03
修剪嘉豪 Trim Galore是和的包装，可始终将适配器和质量修整应用于FastQ文件，并具有RRBS数据的附加功能。 安装 Trim Galore是Perl的包装器，它围绕两个工具： 和 。 要使用，请确保这两款软件都可用，然后将trim_galore脚本复制到PATH上可用的位置。 例如： # Check that cutadapt is installed cutadapt --version # Check that FastQC is installed fastqc -v # Install Trim Galore curl -fsSL https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/archive/0.6.6.tar.gz -o trim_galore.tar.gz tar xvzf trim_galore.tar.gz # Run
TrimGalore下载
m0_46336667的博客
09-25 817
TrimGalore下载
【亲测免费】 推荐开源神器：TrimGalore - 高效精准的DNA/RNA序列质控工具
gitblog_00010的博客
04-19 1050
TrimGalore是一款基于FastQC和Cutadapt的高效、易用的生物信息学工具，用于在高通量测序数据预处理阶段进行质量控制和剪接 adapter。这款由FelixKrueger贡献的开源项目[1]，对于任何从事基因组学或转录组学研究的科研人员来说，都是一个不可或缺的工具。 ## 项目简介 TrimGalore！旨在自动化并简化数据清理过程，它可以检测并去除低质量碱基（如Phred评分...
Trim Galero（学习记录-自用）
Eve_J的博客
08-03 1576
自动搜选的平台三个，也直接显式输入这三种平台，即--illumina、--nextera和--small_rna。--retain_unpaired：对于双端测序结果，一对reads中，如果一个read达到标准，但是对应的另一个要被抛弃，达到标准的read会被单独保存为一个文件。即小于20bp的被去除。：对于双端测序结果，一对reads中，如果有一个被剔除，那么另一个会被同样抛弃，而不管是否达到标准。-s/--stringency<INT>：设定可以忍受的前后adapter重叠的碱基数，
trim_galore的安装及使用
热门推荐
jiangshandaiyou的博客
09-28 2万+
1、网址：https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/archive/0.6.0.tar.gz 用户手册：https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/blob/master/Docs/Trim_Galore_User_Guide.md 2、安装：conda一键安装没成功 所以去了上述网址下载压缩文件，因服务器地址问...
trim_galore去接头和质控
qq_27390023的博客
06-18 5524
Trim Galore是一个非常流行的用于「去接头序列」的软件，用于处理高通量测序得到的原始数据。通常我们从测序公司拿到数据后，第一步就是评估数据的质量以及对raw data去接头处理。公司拿来的数据通常附带了clean data以及去接头的说明文件，我自己重新实现了一下trim的过程。参数都是根据公司的说明文件来设定的。cutadapt软件可以对NGS数据进行质量过滤，FastQC软件可以查看NGS数据的质量分布，trim_galore将这两个软件封装到一起，使用起来更加的方便。 参数说明：-q 25
2019/2/19_生信软件trim_galore和hisat2软件的结果解读
super_qun的博客
02-19 4085
每日工作 2019/2/19 trim_galore软件的结果解读 trim_galore报告： SUMMARISING RUN PARAMETERS ========================== Input filename: ENCFF108UVC.fastq.gz #输入文件 Trimming mode: paired-end #双端测序结果 Trim Galore version...
RNA-seq上游分析之质控软件——Trim Galore
weixin_57830892的博客
07-08 2306
RNA-seq上游处理
Trim Galore：一站式测序数据清理工具
最新发布
公众号/简说基因，知乎/简宝玉
10-01 1497
在生物信息学分析中，测序数据的质量是决定分析结果可靠性的重要因素。测序数据通常包含一些低质量的序列、接头序列等，这些“噪音”可能会影响后续分析的准确性。Trim Galore 是一款常用的工具，专门用来清理这些不必要的序列，确保你的数据更加干净、可靠。今天我将为你介绍Trim Galore的功能特点、优缺点，并分享如何通过Galaxy平台使用它。Trim Galore是什么？Trim Galore...
使用trim_galore对NGS数据进行质量过滤
庐州月光的博客
09-03 3663
欢迎关注”生信修炼手册”!cutadapt软件可以对NGS数据进行质量过滤，FastQC软件可以查看NGS数据的质量分布，trim_galore将这两个软件封装到一起，使用起来更加的方便...
TrimGalore软件的安装使用
weixin_44616693的博客
06-25 9180
通常情况下，我们需要指定对应的adapter序列（参数–adapter），如果没有指定，trim_galore会自动查找以下3种类型的adapter：Illumina，Small RNA，Nextera。**–retain_unpaired：**对于双端测序结果，一对reads中，如果一个read达到标准，但是对应的另一个要被抛弃，达到标准的read会被单独保存为一个文件。**–paired：**对于双端测序结果，一对reads中，如果有一个被剔除，那么另一个会被同样抛弃，而不管是否达到标准。
trim_galore使用方法
win_win223的博客
11-18 1274
trim_galore使用方法
生物软件安装与使用--3 Trim_Galore 的安装与使用
z1011795220的博客
11-27 1961
【代码】生物软件安装与使用--3 Trim_Galore 的安装与使用。
【亲测免费】 TrimGalore 安装和配置指南
gitblog_09304的博客
09-13 1138
### 项目基础介绍 TrimGalore 是一个用于自动化质量控制和适配器修剪的工具，主要用于处理 FastQ 文件。它是一个 Perl 脚本的包装器，围绕着 Cutadapt 和 FastQC 这两个工具，能够一致地应用适配器和质量修剪，并具有额外的功能来处理 RRBS（Reduced Representation Bisulfite-Seq）数据。 ### 主要的编程语言 TrimGalo...
超级菜鸟-trim_galore linux 下载解压后，在trim_galore前加上perl即可使用
abc1026497385的博客
04-01 1193
超级菜鸟-trim_galore linux 下载解压后，在trim_galore前加上perl即可使用 欢迎使用Markdown编辑器 你好！ 这是你第一次使用 Markdown编辑器 所展示的欢迎页。如果你想学习如何使用Markdown编辑器, 可以仔细阅读这篇文章，了解一下Markdown的基本语法知识。 新的改变 我们对Markdown编辑器进行了一些功能拓展与语法支持，除了标准的Mark...
转录组分析中Trimmomatic和Trim_galore详细使用说明（2） Trim_galore
lazymark2的博客
08-05 6579
Trim_galore 实际上是个套皮的Cutadapt和Fastqc，主要都是用Perl写的。 优劣势分析 优势： 1、安装和使用都非常简单； 2、代码较短 3、参数更直观，不用去死记硬背 4、默认下paired和unpaired，运行速度较快 劣势： 1、可调参数较少 除此之外，trim_galore还有一个特色就是可以对RRBS（Reduced Representation Bisulfite Sequencing， DNA甲基化测序）构建的文本库进行相应的质控，比如“–rrbs” 参数对于 RRBS
RNA-seq——上游分析练习2（数据下载+trim-galore+hisat2+samtools+featureCounts）
Dzfly
12-18 4762
本文是转录组上游分析的实战练习。
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