Trimmomatic对raw reads的去接头 赫尔过滤

最新推荐文章于 2024-06-21 21:43:18 发布
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#生物信息 #转录组分析

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http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101kq1r.html
biolxy
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LCWGS(3)在Linux服务器上安装Trimmomatic
Junbo_Just_Jia的博客
04-28 1783
Trimmomatic是一个灵活的用来处理Illumina二代测序数据中的reads工具。由于在写该博文的时候Trimmomatic的官网无法打开，且使用源代码安装失败，所以这里介绍如何利用conda 来安装Trimmomatic。
用trimmomatic/cutadapt去引物和接头
最新发布
leyun_du的博客
08-14 507
​的 FASTA 文件。然后输入正反引物各自的。
去除测序reads中的接头：adaptor
05-29 1639
之前用c写过一个程序，查找reads中是否包含了adaptor，如果检测到的话就过滤掉含有adaptor的reads，这次在过滤完数据之后发现接头序列比较多，为了提升组装效果，又不能很大地影响数据量，需要对接头进行截断处理，并过滤过短的reads，用python写了一个简短的程序，指定超过3个错配以内的匹配都认为匹配到，并且长度小于50bp的reads过滤，在以下程序基础上添加传入参数，...
trimmomatic 去接头，处理reads
biolxy的博客
07-21 9180
nohup java -jar /home/lixiangyong/software/Trimmomatic/trimmomatic-0.36.jar PE -threads 2 -phred33 ./Sample_hua_20160524_CGTACG_L001_R1.fastq ./Sample_hua_20160524_CGTACG_L001_R2.fastq Sample_hua_2016
reads去污染接头
weixin_30268071的博客
12-24 509
对于reads：一段一段的文件，比如说下面这个文件，它是四行一段的，我只想匹配每一段第一行末尾是1还是2，匹配是1的话，匹配第二行是否以ATCG开头或者结尾，如果是输出到一个文件，不是输出到另一个文件。匹配是2的话，匹配第二行是否以GCTA开头或者结尾，如果是输出到一个文件，不是输出到另一个文件。 @FCC36J1ACXX:1:1101:1218:2181#GATTAGTG/1 ...
FastQC或Trimmomatic去接头，低质量碱基
生信小博士的博客
12-24 8556
Fastqc 1、可直接对.fq.gz压缩文件操作 2、结果默认路径生成在同文件的目录下，生成的文件夹为XX_fastqc,里面有fastqc_data.txt , fastqc_report.html等重要文件 3、可生成在指定的文件夹（应该说是路径吧），需要额外建立文件夹，用-o参数，为文件夹（文件） 安装：我针对自己电脑写了一个脚本，每个人根据自己电脑的路径要进行修改 image.png 具体代码如下：mkdir ~/Biosoft/fastqcunzip /home/reawyn/.
使用Trimmomatic对NGS数据进行质量过滤
庐州月光的博客
09-02 2021
欢迎关注”生信修炼手册”!Trimmomatic 软件可以对NGS测序数据进行质量过滤，其去除adapter的功能只是针对illumina的序列，从reads的3’端识别adapter序...
软件Trimmomatic
GeekFocus
08-31 1196
文库构建前，核酸经过随机打断，有的本身就长短不一(mRNA)，因此接头之间片段长度也长短不一，而二代测序的测序长度一般是固定，肯定会有部分短于测序读长的序列被测序，因此测序序列中包含了部分或全部接头序列，需要进行接头序列的检测并过滤掉对应的reads或截掉接头序列。 Trimmomatic下载链接 Paired End: You often don’t need leading and traling clipping. Also in general keepBothReads can be useful
filter_fasta_by_size.rar_fasta_filter 过滤脚本_按大小过滤reads
09-24
标题中的"filter_fasta_by_size.rar_fasta_filter 过滤脚本_按大小过滤reads"指的是一个专为处理FASTA文件设计的Perl脚本，名为`filter_fasta_by_size.pl`，它的主要功能是根据序列长度对reads进行筛选。这个脚本...
trimmomatic 0.36
11-11
Trimmomatic是一款强大的工具，专为处理Illumina测序数据而设计，用于去除reads两端的低质量碱基。在高通量测序过程中，由于各种原因，如测序错误、化学漂移或仪器噪声，读取的序列两端可能会包含质量较低的碱基。...
NGS数据过滤之trimmomatic
zbandzsxj的博客
09-07 2368
NGS 原始数据过滤对后续分析至关重要，去除一些无用的序列也可以提高后续分析的准确率和效率。Trimmomatic 是一个功能强大的数据过滤软件。 Trimmomatic 介绍 Trimmomatic 发表的文章至今已被引用了 2810 次，是一个广受欢迎的 Illumina 平台数据过滤工具。其他平台的数据例如 Iron torrent ，PGM 测序数据可以用 fastx_toolkit 、NGSQC toolkit 来过滤。 Trimmomatic 支持多线程，处理数据速度快，主要用来去除 Il
如何去除测序数据中的接头和低质量的reads？ 软件fastx
biolxy的博客
07-06 9864
http://blog.sciencenet.cn/blog-1509670-914439.html
高通量测序数据质控神器Trimmomatic
kongxx的专栏
03-19 6770
简介 高通量测序下机的原始数据中存在一些低质量数据、接头以及barcode序列等，为消除其对后续分析准确性产生的影响，在数据下机以后对原始数据进行质控处理就成了至关重要的环节。Trimmomatic就是一个高通量测序数据质控神器，可以对测序数据进行过滤。 Trimmomatic 支持多线程，处理数据速度快，主要用来去除 Illumina 平台的 Fastq 序列中的接头，并根据碱基质量值对 Fas...
trimmomatic参数理解
mai_curious的博客
08-25 3580
trimmomatic的参数理解
用cutadapt软件来对双端测序数据去除接头
vickyleexy's blog
08-29 1万+
转载于：http://www.bio-info-trainee.com/1920.html 一般来讲，我们对测序数据进行QC，就三个大的方向：Quality trimming， Adapter removal， Contaminant filtering，当我们是双端测序数据的时候，去除接头时，也会丢掉太短的reads，就容易导致左右两端测序文件reads数量不平衡，有一个比较好...
Trimmomatic
hs6605015的博客
02-03 4454
写在前面 Trimmomatic工具是用于illumina二代测序数据的reads处理，主要对接头(adapter)序列和低质量序列进行过滤。下面是使用该工具处理双端测序(PE)数据时，常用参数的一些说明。 参考文档 Trimmomatic工具的参考文献 Trimmomatic工具官网 Trimmomatic工具使用手册 软件使用 执行命令 ## 双端测序数据使用方法 # 使用v0.32版本: 1. java -jar trimmomatic-0.32.jar PE \ 2. [-threads &lt
Trimmomatic的一些使用说明整理
I_LiYY的博客
04-15 2万+
Trimmomatic写在最开始一、前言二、相关链接三、软件下载四、软件使用1、修剪步骤说明2、运行程序（1）单端模式（2）双端模式（3）输入/输出文件（4）注解3、参数详情（1）详情说明（2）示例 写在最开始 关于这篇博客只是网上调研的结果，博主本人并没有对这个软件进行过实际操作，纯属纸上谈兵，更多的只是对官网使用工具书的翻译，且不全，没有涉及具体算法，仅涉及用法，如有出错或侵权，请联系1887...
NGS数据的质量评估和reads的处理
热门推荐
SHMILYRINGPULL的专栏
07-02 2万+
转自：http://www.hzaumycology.com/chenlianfu_blog/?p=1456 1. 基因组测序和转录测序的NGS数据处理策略 从测序公司拿到数据后，首先需要对数据进行预处理，主要分两步走： 1.1 QC(reads的质量控制) Quality Control,即过滤低质量reads,低质量的reads有如下几种： 含有Primer/Adap
全外显子测序分析流程1 - Fastq质控与去接头、低质量和引物序列
LittleComputerRobot的博客
06-21 793
Fastq质控与去接头、低质量和引物序列
Trimmomatic如何设置参数去除接头序列？
08-14
在 Trimmomatic 中去除接头序列的主要方法是使用 `ILLUMINACLIP` 参数，该参数用于识别...该命令首先去除接头，然后使用滑动窗口修剪低质量区域，接着分别去除起始和末尾低质量碱基，最后过滤掉长度小于 36 的 reads。
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