转录组分析之 Trimming对reads进行处理

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#转录组分析

本文介绍了一个Perl脚本TrimmingReads.pl的使用方法，该脚本用于处理NGS数据中的FASTQ文件，通过设定质量阈值(q)和最小长度(n)来过滤低质量的reads。示例展示了如何运行此脚本并指定输入输出文件。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

nohup perl /home/lixiangyong/software/NGSQCToolkit_v2.3.3/Trimming/TrimmingReads.pl -i Sample_1R_20160524_GTCCGC_L001_R1.fastq_filtered -q 30 -n 50 -o Sample_1R_20160524_GTCCGC_L001_R1.fastq_filtered_trm &


参数结构参见

perl TrimmingReads.pl -i data/s1.fq -q 30 -n 50 -o data/tmp.fq


转录组分析中Trimmomatic和Trim_galore详细使用说明（2） Trim_galore
lazymark2的博客
08-05 6343
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算法（一）截取reads的算法
生信了
10-18 2173
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转录组入门(6)： reads计数
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07-21 2320
要求 实现这个功能的软件也很多，还是烦请大家先自己搜索几个教程，入门请统一用htseq-count，对每个样本都会输出一个表达量文件。 需要用脚本合并所有的样本为表达矩阵。参考：生信编程直播第四题：多个同样的行列式文件合并起来 对这个表达矩阵可以自己简单在excel或者R里面摸索，求平均值，方差。 看看一些...
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风高秋月白，雨霁晚霞红
02-26 4289
固态硬盘GC与TRIM.
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12-30 824
论文信息论文题目：MIntO: A modular and scalable pipeline for microbiome metagenomic and metatranscriptomic data integration期刊：Frontiers in BioinformaticsIF：N/A发表时间：2022MIntOMIntO的分析流程：同时输入宏基因组和宏转录组数据.首先对其进行质量控...
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