（有参考基因组）植物转录组分析之一数据处理

1，拿到测序结果，是fastq.gz格式的压缩文件，（批量）解压得到  （可以不用解压）

Sample_1R_20160524_GTCCGC_L001_R1.fastq   Sample_1R_20160524_GTCCGC_L001_R2.fastq

注：该文件是双向测序所得的结果，所以有1,2之分

2，拿到原始文件后我们需要对测序质量进行一个评估 ，使用软件为FastQC 

nohup perl /home/lixiangyong/software/FastQC/fastqc -o qc --noextract -f fastq  Sample_1R_20160612_GTCCGC_L001_R1.fastq Sample_1R_20160612_GTCCGC_L001_R2.fastq

-o 选择一个输出的文件夹（我选的是qc，注意，该程序不会自己创建文件夹）

--noextract 输出的结果是.zip文件，默认自动解压缩，命令里加上--noextract则不解压缩

简便点可以这样(fastqc 可以处理gz压缩文件)

fadtqc *.R1.fastq.gz   *R2.fastq.gz    

检测完毕后会得到.html文件，里面有关于这个测序结果的之来年个报告（那个压缩包里面就是.html里面的图片，没啥用）

根据这个结果，我们会发现以下问题，针对这些问题，需要对序列进行处理。