想用sva包中的combat做批次校正,但是运行到后面报错是什么意思,求大神解决一下!

本博客详细记录了使用ComBat函数进行circRNA芯片数据批效应校正的过程,包括加载所需库、读取数据、创建批次类型和模型矩阵等步骤。然而,在将调整后的数据合并到表格时遇到了错误,作者急需解决这一问题。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

> library(sva)
> library(limma)
> setwd("D:\\硕士研究生\\circRNA芯片分析\\batchNormalize\\校正1")
> rt=read.table("merge1.txt",sep="\t",header=T,check.names=F)
> rt=as.matrix(rt)
> rownames(rt)=rt[,1]
> exp=rt[,2:ncol(rt)]
> dimnames=list(rownames(exp),colnames(exp))
> data=matrix(as.numeric(as.matrix(exp)),nrow=nrow(exp),dimnames=dimnames)
> batchType=c(rep(1,6),rep(2,10))
> modType=c(rep("normal",3),rep("tumor",3),rep("normal",5),rep("tumor",5))
> mod = model.matrix(~as.factor(modType))
> outTab=ComBat(data, batchType, mod, par.prior=TRUE)
Found2batches
Adjusting for1covariate(s) or covariate level(s)
Standardizing Data across genes
Fitting L/S model and finding priors
Finding parametric adjustments
Adjusting the Data

> outTab=rbind(geneNames=colnames(outTab),outTab)

就是从outTab后面就开始报错,这个我该怎么办??急啊!!!

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