RNAseq Tophat2 library-type

最新推荐文章于 2021-05-22 15:04:09 发布
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#RNAseq #library-type #tophat2 #featureCounts

本文详细介绍了RNAseq文库的链特异性与非链特异性分类，包括fr-firststrand和fr-secondstrand的区别，并解释了tophat2和featureCounts软件中相关参数的设置方法。

1，RNAseq library type

RNAseq的文库分为链特异性（strand-specific）和非链特异性（non-strand-specific）两种；其中链特异性又分为去掉cDNA第一条链的建库方法，即保留第二条链，参考tophat2软件命名为fr-secondstrand，以及保留第一条链的fr-firststrand方法。
Note：RNAseq建库过程首先要将mRNA反转为cDNA，将mRNA反转的那条与其互补的cDNA链称为cDNA的第一条链，第一条链反向互补得到的链为cDNA的第二条链。

2，tophat2 library-type 参数设置

fr-unstranded 适用于非链特异性建库，是标准的illumina建库方法；

fr-firststrand 保留第一条链的方法，如dUTP, NSR, NNSR；

fr-secondstrand 保留第二条链的方法，如Ligation, Standard SOLiD；

3，featureCounts library-type 参数设置

-s 参数：
0 (unstranded) 非链特异性
1 (stranded) 对应tophat2中的fr-firststrand
2 (reversely stranded) 对应tophat2中的fr-secondstrand

Stringtie详解
songyi10的博客
05-28 5679
StringTie 是一种快速高效的将 RNA-Seq 比对到潜在转录本的组装器。它使用新的网络流算法以及可选的从头组装步骤来组装和定量代表每个基因位点的多个剪接变体的全长转录本。它的输入不仅可以包括其他转录组装器也可以使用的短读取比对，还可以包括从这些读取组装的较长序列的比对。为了识别实验之间的差异表达基因，StringTie 的输出可以通过专门的软件如 Ballgown、Cuffdiff 或其他程序（DESeq2、edgeR 等）进行处理。 下载与安装 源码安装 wget http://ccb.jh
确定RNA-seq链特异性
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当需要确定链特异性时，可如下操作，需要安装bedops, rseqc两个程序。 安装bedops, rseqc Conda install bedops Conda install rseqc 将比对过程中使用的gtf文件转为12列的bed文件 在bedops中有gtf2bed可以将gft转换为12列的bed文件。 输入命令： gtf2bed < Mus_musculus.GR...
tophat程序
02-26
顶帽变换部分程序，顶帽变换通俗的讲就是原图减去开运算（先腐蚀，后膨胀，去白变黑）后的结果。而底帽运算闭运算（先膨胀，再腐蚀，去黑变白）减去原图的结果
c语言处理rna序列,RNAseq 完整操作流程以及后续例子操作
weixin_35761085的博客
05-22 1331
2.软件以及流程以及代码： 本实验使用常规的Tophat2 比对(1)样本制备、建库：总RNA ---> polyA富集mRNA ---> 打断 ---> 随机引物反转录成cDNA ---> 末端修复、加A、加接头RNA提取：方法-使用trizol-based方法或者试剂盒方法；富集mRNA，除去rRNA等RNA:依据为-在测mRNA过程中，首先要去除rRNA。以人为例，在...
tophat 原理_Tophat2比对原理及命令
weixin_36095188的博客
12-24 2177
Tophat2比对原理及命令2018-09-18相对速度快并且占用内存小的TopHat在RNA-Seq中常常用于跨内含子比对，这里我们来关注一下TopHat2，TopHat2的安装是依赖Bowtie2的(当然Bowtie1也是可行的)，TopHat2适合于75bp以上Read的比对。TopHat2是一个多步骤比对的程序，如果基因组的注释文件存在的话，那么它会先将Read比对到转录组上。这就大大提高...
转录组分析工具tophat之完全手册
SHMILYRINGPULL的专栏
12-30 1万+
转载自：第20121105期集结号-转录组分析工具tophat之完全手册 TopHat是将RNA-Seq数据允许gap的回贴回参考基因组上！是转录组分析的必备工具之一！ 此帖的内容涵盖了tophat的介绍，安装、使用、异常处理等，是tophat使用的完全手册! 1,介绍 转录组数据分析之tophat篇 http://seq.cn/1650-79 TopHa
TopHat
weixin_30747253的博客
01-20 76
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rnaseq-data-analysis-ARCHIVED
05-28
布局 页 RNA-seq数据分析 这次关于RNA-seq数据分析的研讨会面向没有统计学或生物信息学经验的生命科学家。 第一部分（质量控制，比对和计数）使用BRB数字基因表达（BRB-DGE， ）工具。 它以FASTQ格式的RNA序列数据...
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RNAseq-DEG-MethodLimit-开源
06-04
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懒人必看 Bowtie2 -q --phred33 --sensitive --end-to-end -I 0 -X 500 --fr --un unpaired --al aligned \--un-conc unconc --al-conc alconc -p 6 --reorder -x{-1-2| -U} -S [] 用法： bowtie2 [options]* -x {-1 -
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huangliangbo的专栏
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stranded 和 non-stranded RNA-seq
weixin_34396902的博客
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stranded 和 non-stranded RNA-seq的表达谱分析和基因overlap研究的比较 原文链接：Comparison of stranded and non-stranded RNA-seq transcriptome profiling and investigation of gene overlap 背景 non-stranded RNA-seq的建库存在的问题：不能确...
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weixin_44560756的博客
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1.实验设计考虑 生物体中总RNA=（～90%）rRNA+ （1～2%）mRNA+（8～9%）其他RNA 对于真核生物，可通过 oligo dT磁珠富集mRNA来进行建库 而如果想研究lncRNA、全转录组或原核生物转录组，可以通过去除rRNA的方法进行建库 建库另一个要考虑的方面： 链特异性与非特异性（stranded or un-stranded） 建库过程 本文以Illumina的NEBNe...
(work) lixch9@debian:~/bigdata/JBL/00_rawdata/Ribo_raw/test$ nextflow pull nf-core/rnaseq -r 3.12.0 --clone https://github.com/nf-core/rnaseq.git Unknown option: --clone=https://github.com/nf-core/rnaseq.git -- Check the available commands and options and syntax with 'help' (work) lixch9@debian:~/bigdata/JBL/00_rawdata/Ribo_raw/test$
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05-29
<think>好的，用户在使用Nextflow的pull命令时遇到了“Unknownoption:--clone”的错误。我需要先确认这个问题的原因。根据我的知识，Nextflow的pull命令是用来从远程仓库获取管道代码的，但可能用户使用的Nextflow版本不支持--clone参数。首先，我应该检查Nextflow的版本。不同版本的Nextflow可能有不同的参数支持。例如，较旧的版本可能没有--clone选项，而新版本可能支持。用户可能在旧版本中尝试使用这个参数，导致报错。接下来，查阅Nextflow的官方文档或更新日志，看看--clone参数是在哪个版本引入的。假设用户使用的是较旧的版本，比如20.x，而--clone是在21.x版本中添加的，那么升级Nextflow到最新版本可能解决问题。 另外，用户可能误用了参数。比如，正确的参数可能是--clone-hub或其他形式，需要确认正确的参数名称。或者，用户可能不需要使用--clone参数，因为默认行为已经满足需求，比如直接使用nextflow pullnf-core/rnaseq即可。 此外，nf-core的文档可能推荐使用特定的参数组合，或者用户的环境配置有问题。例如，网络问题导致无法克隆仓库，但错误信息提示的是参数未知，所以更可能还是版本问题。总结可能的解决方案：1）升级Nextflow到最新版本；2）不使用--clone参数；3）检查参数的正确性，是否有拼写错误；4）参考nf-core/rnaseq的文档，确认是否需要使用其他参数。同时，用户提供的引用内容中有提到nf-core/rnaseq的配置示例，但可能和当前问题无关。不过，项目文档可能提供了正确的pull命令用法，需要引导用户查阅相关文档。最后，给出具体步骤：检查Nextflow版本，升级，尝试不带--clone的命令，或者使用正确的参数。如果用户的环境无法升级，可能需要替代方案，比如手动克隆仓库。</think>### 解决方案 在使用 `nextflow pull nf-core/rnaseq` 命令时出现 `Unknown option: --clone` 错误，通常是由以下原因导致： #### 1. **Nextflow 版本过旧** - **问题分析**：`--clone` 参数在较新的 Nextflow 版本中才被支持（例如 21.04.0 及以上）[^1]。若本地安装的 Nextflow 版本过旧，会因无法识别该参数而报错。 - **验证版本**： ```bash nextflow -version ``` - **解决方案**： 1. 升级 Nextflow 至最新版本： ```bash nextflow self-update ``` 2. 重新执行命令： ```bash nextflow pull nf-core/rnaseq --clone ``` #### 2. **参数名称拼写错误** - **问题分析**：`--clone` 是 Nextflow 用于强制克隆仓库的选项，但需注意拼写和参数格式。 - **解决方案**： - 检查参数是否为全称 `--clone`，而非缩写（如 `-c`）。 - 确保命令格式正确： ```bash nextflow pull nf-core/rnaseq --clone ``` #### 3. **直接省略 `--clone` 参数** - **问题分析**：若无需强制克隆仓库（例如仅需拉取更新），可尝试省略 `--clone`。 - **解决方案**： ```bash nextflow pull nf-core/rnaseq ``` #### 4. **手动克隆仓库（备用方案）** - **适用场景**：若 Nextflow 版本无法升级且必须使用克隆功能。 - **操作步骤**： 1. 手动克隆仓库： ```bash git clone https://github.com/nf-core/rnaseq.git ``` 2. 在 Nextflow 配置中指定本地路径： ```groovy params { input = 'path/to/data' outdir = 'results' } ``` --- ### 验证步骤 1. **检查版本兼容性**： ```bash nextflow -version # 确认版本 ≥21.04.0 ``` 2. **执行命令**： ```bash nextflow pull nf-core/rnaseq --clone ``` --- ### 附加说明 - 若问题持续，建议参考 nf-core 官方文档中的配置示例[^2]，检查 `nextflow.config` 文件是否包含兼容性设置。 - 网络问题可能导致拉取失败，建议使用代理或检查连接状态。 ---
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