Win10_Anoconda装Rdkit

最新推荐文章于 2024-07-01 16:24:55 发布
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#anaconda

本文介绍了如何在Windows 10系统中通过Anaconda创建特定Python环境并安装RDKit库。首先，创建一个Python 3.7的环境，然后激活该环境，并使用conda命令安装RDKit。确保遵循Python版本要求，因为rdkit-pypi仅适用于Linux和macOS。安装完成后，在命令行中激活环境并验证rdkit是否成功导入，无错误即表示安装成功。

RDKit 是一个用于化学信息的开源工具包，可以对化合物生成描述符和指纹图谱，用python进行调取。
之前在pycharm中装rdkit和rdkit-pypi都失败没装好，其中rdkit对python版本有要求，rdkit-pypi (github)只能装到Linux和mac OS上。

Win10上通过Anaconda安装Rdkit

  1. 创建python37环境
conda create -n python37 python=3.7
  1. 激活python37
conda activate python37
  1. 在python37环境下，安装rdkit
conda install -c rdkit rdkit

安装完成后，会出现下图所示
在这里插入图片描述
在win命令行窗口，激活python37环境，输入python，导入rdkit，没有报错证明安装成功


                

                
                
        

    


  


        

            

                      
                        最低0.47元/天 解锁文章
                          
                      
            

        


    



                



	

		

			

				
					
标题：使用Python安装和使用RDKit库进行编程

				
			

			

				

					EadDeveloper的博客
				

				

					09-16
					
					1844
					
				

			

		

		

			
				
通过安装RDKit并使用示例代码，可以读取和表示分子结构，计算分子描述符，以及可视化分子等。RDKit是一个功能强大且广泛使用的化学信息学工具包，可用于多个领域，包括药物发现、分子设计等。希望本文对初学者能够提供一些有用的指导和启示，以便更好地利用RDKit进行分子建模和药物发现的工作。RDKit是一个功能强大的开源化学信息学工具包，用于分子建模和药物发现。本文将介绍如何使用Python安装和使用RDKit库进行编程，以及展示一些常见的示例代码。要使用RDKit库，首先需要安装它。二、RDKit基本用法。

			
		

	



                

            
              



	

		

			

				
					
RDChiral | 用于处理立体化学的RDKit封装器

				
			

			

				

					DrugOne
				

				

					01-10
					
					2378
					
				

			

		

		

			
				
RDChiral

用于处理立体化学的RDKit封装器，用于反向合成模板提取和应用。

人们对计算机辅助合成设计重新产生了兴趣，其中绝大多数方法都需要应用逆合成反应模板。RDChiral是一个开源的Python包装器，用于在应用以SMARTS字符串编码的逆合成转化时提供一致的立体化学信息处理。RDChiral的设计是为了执行手性四面体中心的引入、破坏、保留和反转，以及双键的顺/反构型。

RDChiral的GitHub链接

https://github.com/connorcoley/rdchiral



			
		

	



              


  
              

                


	

		

			

				
					
anaconda安装&rdkit安装指南

				
			

			

				

					Larkin_0612的博客
				

				

					02-21
					
					6066
					
				

			

		

		

			
				
anaconda环境配置与RDkit安装

			
		

	





	

		

			

				
					
RDkit anaconda win10本地安装记录

				
			

			

				

					wshlb的博客
				

				

					02-14
					
					1029
					
				

			

		

		

			
				
换源

conda config --add channels https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add chann...

			
		

	



		

			
		



	

		

			

				
					
使用Anaconda安装RDKit

				
			

			

				

					EngzSinger的博客
				

				

					04-27
					
					5403
					
				

			

		

		

			
				
1. Anaconda和RDkit介绍
Anaconda 是开源跨平台的软件包管理器，能够创建虚拟的Python执行环境，解决依赖库版本冲突的问题。
RDkit是开源的化学信息学依赖库，基于C++编写开发，提供Python的接口，在化学模拟计算方面领域被广泛使用。
使用Anaconda安装是目前最快捷的RDKit安装方式。
2. 如何安装
conda能够直接安装依赖库，或者创建虚拟环境。
# 在现有环境下安装
conda install -c conda-forge rdkit
# 创建新的环境并安装
co

			
		

	





	

		

			

				
					
Windows10安装rdkit

				
			

			

				

					blgpb的博客
				

				

					08-02
					
					812
					
				

			

		

		

			
				
之前我尝试使用WIndows10从源码编译安装rdkit，但是尝试了很久都失败了。于是，我又重新尝试使用conda安装。最终，我换了个思路，终于顺利安装成功rdkit和pyg了。我的python版本是3.8.13，亲测可以成功安装。最后，我们再安装PyG。参考下面的命令就可以顺利安装。安装torch后测试，可以使用GPU运算。安装完之后，再安装torch，可以参考。创建一个新的conda环境，然后运行。...

			
		

	





	

		

			

				
					
Windons10安装RDKit

				
			

			

				

					zhaoguanghe的博客
				

				

					07-17
					
					7157
					
				

			

		

		

			
				
Windons安装RDKit起因过程1.官网方法2.本地下载安装3.conda-forge安装结局引入成功
起因
因为参加“英特尔杯”第一届中国研究生人工智能创新大赛，在机器学习进行新药研发领域了解到RDKit，使用官网提供的安装方式第一次并没有成功，在搜索很多相关资料后最后尝试一种方法，安装成功。
过程
1.官网方法
首先计算机需提前安装了Anaconda，打开Anaconda Prompt命令...

			
		

	





	

		

			

				
					
C++使用rdkit示例

				
			

			

				

					悲伤无声地涌出来
				

				

					03-07
					
					593
					
				

			

		

		

			
				
C++使用rdkit简单示例：获取原子个数

			
		

	





	

		

			

				
					
Windows10源码编译安装RDKit

				
			

			

				

					blgpb的博客
				

				

					08-01
					
					1044
					
				

			

		

		

			
				
RDKit是一个非常重要的库，可是它的安装却非常不友好。我尝试了使用conda安装，但是按照博客上写的方法，都无法安装。因此，我只好硬着头皮按照RDKit官网上提供的方法安装。RDKit是由C++语言编写的，因此在WIndows下的安装需要从源代码进行编译，困难重重。下面是我的安装教程。......

			
		

	





	

		

			

				
					
win10 rdkit下载及使用

				
			

			

				

					weixin_44950479的博客
				

				

					03-01
					
					720
					
				

			

		

		

			
				
准备：已经下载了anaconda以及python3
1.打开anaconda prompt

2.安装
conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit

3.激活环境
conda activate my-rdkit-env

如图

成功则如图


检测是否成功


每次使用都需要激活一下环境

...

			
		

	





	

		

			

				
					
conda-rdkit:conda为rdkit构建配方

				
			

			

				

					05-03
				

			

		

		

			
				
RDKit的Conda配方
该存储库提供了构建与Anaconda Python发行版或其他conda环境一起使用的二进制软件包的方法。
conda
Conda是一个开源，跨平台的软件包管理器。 它支持软件组件的打包和分发，并管理它们在隔离执行环境中的安装。 它与pip和virtualenv有几种类比，但是它被设计为“与Python无关”，并且更适合于分发二进制软件包及其依赖项。
如何获得conda
获得Conda的最简单方法是将其安装为。 较小且更独立的提供了一种可能的选择（但使用起来有些复杂）。 conda源代码存储库位于，项目提供了其他文档。
如何构建软件包
软件和系统要求
必须安装最新版本的conda并将其包含在用户的PATH中。 如果可用的anaconda / miniconda安装尚未包括，则还必须安装'conda build'子命令： 
$ conda install cond

			
		

	





	

		

			

				
					
RDkit2016版本

				
			

			

				

					09-25
				

			

		

		

			
				
国外大神写的，开源协议的化学信息处理架构，支持Mol，等协议，支持深度学习

			
		

	





	

		

			

				
					
Anaconda安装RDKit包问题及解决方案

				
			

			

				

					cbrebrebre的博客
				

				

					12-19
					
					1869
					
				

			

		

		

			
				
在运行相关github代码时，通常在import处需要导入rdkit,直接在Pycharm中点击install会出现错误，提示需要跳转官网，跳转官网复制指令安装提示python版本不匹配解决方案。

			
		

	





	

		

			

				
					
conda 安装 rdkit

				
			

			

				

					qq_21521561的博客
				

				

					11-19
					
					3880
					
				

			

		

		

			
				
conda install -c rdkit rdkit

参考网址https://anaconda.org/rdkit/rdkit


			
		

	





	

		

			

				
					
Conda 下安装RDKit

				
			

			

				

					qq_45137760的博客
				

				

					03-10
					
					1250
					
				

			

		

		

			
				
RDKit 是用 C++ 和 Python 编写的化学信息学和机器学习软件的集合。

			
		

	





	

		

			

				
					
Ubuntu机器安装rdkit指定版本，通过conda安装不需要make，有手就行。

				
			

			

				

					醉世老翁的博客
				

				

					07-01
					
					662
					
				

			

		

		

			
				
跟着文档敲就行，傻瓜式安装。

			
		

	





	

		

			

				
					
2019.3.26-无法使用conda安装RDKIT

				
			

			

				

					qq_43569210的博客
				

				

					03-26
					
					3755
					
				

			

		

		

			
				
无法使用conda 安装RDKIT
参考链接：CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url
【基础环境安装】conda httperror http none none for url none Anaconda更新失败解决办法

出现的问题报错：

CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for...

			
		

	





	

		

			

				
					
手把手教你在windows10安装GNN相关环境（torch+torch_geometric+rdkit+deepchem）

				
			

			

				

					阿财是小白的博客
				

				

					08-05
					
					2776
					
				

			

		

		

			
				
在windows中安装 GNN相关的环境，包括cuda、torch、pyg、rdkit、deepchem、pytorch-lightning

			
		

	





	

		

			

				
					
RDKit(2023.09.1 )环系统模板

				
			

			

				

					DrugOne
				

				

					11-02
					
					379
					
				

			

		

		

			
				
【代码】RDKit(2023.09.1 )环系统模板。

			
		

	





	

		

			

				
					
anaconda安装rdkit

					
最新发布

				
			

			

				

					07-28
				

			

		

		

			
				
### 使用Anaconda安装RDKit的步骤

RDKit是一个广泛应用于化学信息学领域的开源库，基于C++开发并提供Python接口。使用Anaconda安装RDKit是目前最便捷的方式，因为它可以自动处理依赖项并避免版本冲突问题。

1. **创建独立的虚拟环境**  
   为了确保安装的稳定性，建议为RDKit创建一个独立的虚拟环境。可以根据需求指定Python版本。例如，如果希望使用Python 3.9，可以通过以下命令创建环境：

   ```bash
   conda create -n rdkit_env python=3.9
   ```

   创建完成后，激活该环境：

   ```bash
   conda activate rdkit_env
   ```

2. **从conda-forge安装RDKit**  
   推荐从`conda-forge`渠道安装RDKit，因为该渠道提供了较为全面和更新及时的包支持。在激活的环境中运行以下命令进行安装：

   ```bash
   conda install -c conda-forge rdkit
   ```

   此命令会自动下载并安装RDKit及其依赖库，适用于当前操作系统（Windows、Linux或macOS）和Python版本[^1]。

3. **验证安装**  
   安装完成后，可以通过以下方式验证是否成功：

   ```bash
   python -c "from rdkit import Chem; print(Chem.MolToSmiles(Chem.MolFromSmiles('CCO')))"
   ```

   如果输出`CCO`，则表示RDKit已成功安装并可以正常使用。

4. **解决版本冲突问题**  
   如果在安装过程中遇到Python版本不匹配的问题，例如当前环境中Python版本为3.10而RDKit未提供支持，可以通过创建新的虚拟环境并指定兼容的Python版本来解决。例如，使用Python 3.9：

   ```bash
   conda create -n rdkit_py39 python=3.9
   conda activate rdkit_py39
   conda install -c conda-forge rdkit
   ```

   这样可以避免对现有环境的Python版本进行修改或重新安装[^2]。

5. **自定义环境名称与配置**  
   用户可以根据需求自定义环境名称和Python版本。例如，创建名为`my-rdkit-env`的环境并指定Python 2.7：

   ```bash
   conda create -c conda-forge -n my-rdkit-env rdkit python=2.7
   conda activate my-rdkit-env
   ```

   这种方式特别适用于需要特定Python版本的应用场景[^3]。

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          需支付：10.00元
        

        
        
      

    

  





  

    
    
  

  

    
    
  








  

    

      

        

          

            
            
成就一亿技术人!

          

          

        

        

          

          

            领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝
            规则
          

        

      

      

        

          

            
              
            
            

              
hope_wisdom
 发出的红包
            

          

        

        

          

          

          

        

      

    

    

  



      
      

      
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