Rosetta基础3：ligand docking

最新推荐文章于 2025-09-28 11:27:11 发布

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#rosetta

本文详细介绍了使用Rosetta进行分子对接的过程，包括蛋白与配体的预处理、对接参数设置及运行对接命令等关键步骤，并探讨了对接时结合区域的指定方法。

对蛋白预处理：

[user@localhost protein]$ /usr/local/python-2.7.16/bin/python2 $ROSETTA/tools/protein_tools/scripts/clean_pdb.py D14_protein.pdb A
Found existing PDB file at D14_protein.pdb
D14_protein A   *** --- --- MOD --- OK
>D14_protein_A
MTQVVLGSGVIGLS....AQKGYKVHVVP.....EDTYAQWAGAA.....WNPEAGPRQSA

对配体预处理参考Rosetta基础2-preparing ligand
分子对接
对接的文件夹中包含
配体： UNK_conformers.pdb、UNK.params、 UNK.pdb
蛋白：D14_protein_A.pdb
对接参数文件：dock.xml和options

[user@localhost docking]$ ll
total 292
-rw-rw-r-- 1 user user 224455 Aug  4 02:57 D14_protein_A.pdb
-rw-r--r-- 1 user user   1937 Aug  4 03:00 dock.xml
-rw-r--r-- 1 user user   1004 Aug  4 03:00 options
-rw-rw-r-- 1 user user  56376 Aug  4 02:58 UNK_conformers.pdb
-rw-rw-r-- 1 user user   3233 Aug  4 02:58 UNK.params
-rw-rw-r-- 1 user user   1944 Aug  4 02:58 UNK.pdb