Windons10安装RDKit

起因

因为参加“英特尔杯”第一届中国研究生人工智能创新大赛,在机器学习进行新药研发领域了解到RDKit,使用官网提供的安装方式第一次并没有成功,在搜索很多相关资料后最后尝试一种方法,安装成功。

过程

1.官网方法

首先计算机需提前安装了Anaconda,打开Anaconda Prompt命令行窗口进行安装,一开始还行,但到了安装rdkit时报错。

conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit
注:加一个-c表示从http://anaconda.org下载资源包,conda create -n env_name 代表创建一个名字为env_name的虚拟环境;

运行截图:
condardkit001
condardkit002
然后搜索相关错误,解决办法一:
一般出错都是由于网络问题,失败就重新安装。注意!!我之前出错后只删除my-rdkit-env文件夹,然后即使显示安装成功了也不能用。正确做法是在anaconda的安装路径中搜索rdkit,将所有相关文件全部删除,然后重新安装。解决办法出处:

### 如何通过 Conda 安装 RDKit RDKit 是一个开源化学信息学软件库,支持分子操作、子结构检索以及多种化学计算功能。为了在 Conda 环境下安装 RDKit,可以通过以下方法实现。 #### 方法一:使用官方 Conda 渠道安装 RDKit 可以通过 `conda-forge` 频道轻松安装。以下是具体命令: ```bash conda install -c conda-forge rdkit ``` 此命令会从 `conda-forge` 频道下载并安装最新版本的 RDKit 库[^1]。 #### 方法二:指定特定版本安装 如果需要安装某个特定版本的 RDKit,可以在命令中显式指定版本号。例如,安装 RDKit 的 2022.9.4 版本: ```bash conda install -c conda-forge rdkit=2022.9.4 ``` 这种方法适用于需要兼容旧项目或依赖于特定版本的情况[^3]。 #### 方法三:创建独立的 Conda 环境进行安装 为了避免与其他包发生冲突,建议在一个全新的 Conda 环境中安装 RDKit。以下是完整的流程: 1. 创建一个新的 Conda 环境: ```bash conda create -n my_rdkit_env python=3.8 ``` 2. 激活该环境: ```bash conda activate my_rdkit_env ``` 3. 在激活的环境中安装 RDKit: ```bash conda install -c conda-forge rdkit ``` 这样可以确保 RDKit 和其他依赖项不会干扰现有项目的运行环境[^2]。 #### 注意事项 - 如果遇到网络连接问题或者无法找到包,请确认已正确配置国内镜像源(如 Tsinghua 或 Aliyun)。例如,在 `.condarc` 文件中添加以下内容: ```yaml channels: - defaults - conda-forge ``` - 对于某些特殊需求场景,可能还需要额外安装图形化工具或其他扩展模块。这些通常也可以通过类似的 Conda 命令完成安装[^4]。
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