
【Linux-Shell】
leadingsci
伍泳彰,华中科技软件工程硕士。深耕测序行业10年,拥有从0到1的平台搭建经验,能从原始样本核酸提取、测序实验、生信分析、报告解读的全流程独立完成。2012年就职于广州生物岛首批首家企业,开始从事高通量测序行业,第一发明人专利5篇,获2021年中国专利奖。先后负责搭建了,华南首台Life PGM高通量测序平台、全国首个翻译组测序Life Proton高通量测序平台,广州首个illunima的Novaseq高通量测序平台,2000平医检遗传NGS平台。涵盖组学:遗传全外、CNV-Seq、全转录组、宏基因组。具有熟练的Python编程和企业级生信分析流程搭建的能力,具有从生信指导测序实验问题的能力。
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0012-【linux命令】-下载工具wget和curl比较
curl和wget有什么区别 wget是个专职的下载利器,简单,专一,极致;而curl可以下载,但是长项不在于下载,而在于模拟提交web数据,POST/GET请求,调试网页,等等。 在下载上,也各有所长,wget可以递归,支持断点;而curl支持URL中加入变量,因此可以批量下载。 个人用途上,我经常用wget来下载文件,加 -c选项不怕断网;使用curl 来跟网站的API 交互,简便清晰。...转载 2018-06-04 23:07:03 · 1480 阅读 · 0 评论 -
0083-【Linux-Shell】-date命令格式
获得当天的日期 date +%Y-%m-%d 输出: 2011-07-28 date1=$(date --date='1 days ago +%Y%m%d') #前一天的日期 date1=$(date --date='2 days ago +%Y%m%d') #前l两天的日期 将当前日期赋值给DATE变量 DATE=$(date +%Y%m%d) 有时候我们需要使用今天之前或者往后的日期...原创 2018-10-07 13:02:45 · 509 阅读 · 0 评论 -
0082-【Linux-Shell】-标准输入标准输出
标准输入 标准输出 标准错误 command > filename 把把标准输出重定向到一个新文件中 command >> filename 把把标准输出重定向到一个文件中(追加) command 1 > fielname 把把标准输出重定向到一个文件中 command > filename 2>&1 把把标准输出和标准错误一起重定向到一个文件中 ...原创 2018-10-07 11:53:46 · 750 阅读 · 0 评论 -
0077-【Linux系统】-for循环的三种使用方法
一 常用for循环结构 #语法一 for 变量 in 值1 值2 值3.. do 程序块儿 done # #语法二 for 变量 `命令` do 程序块儿 done # #语法三 for ((初始值; 循环控制; 变量变化)) do 程序块儿 done 二 常用测试结构 1. 输出3次uptime #!/bin/ba...原创 2018-09-27 10:48:50 · 740 阅读 · 0 评论 -
0037-【Linux-Shell】-Linux_Shell脚本攻略-第一章-小试牛刀
Linux_Shell脚本攻略-第一章-小试牛刀 1.1 简介 脚本开头格式编写 vim work.sh #!/bin/bash echo "hello world" 文件保存后,输出权限,没有执行权限 -rw-rw-r-- 1 toucan toucan 31 Jun 9 16:26 work.sh 可以使用sh直接运行 $sh work.sh hello world 但...原创 2018-06-09 18:33:26 · 308 阅读 · 0 评论 -
0040-【Linux-Shell】-帮助文档格式和转义序列
1. 程序帮助文档的规范 2. 转义序列原创 2018-06-13 10:15:00 · 289 阅读 · 0 评论 -
0039-【Linux-Shell】-软件工具的原则
shell脚本简洁,易懂,且运行速度比C程序快,非常适合文本处理和搭建工作流程。应遵循以下软则 软件工具的原则 一次做好一件事 处理文本行,不要处理二进制数据 使用正则表达式 默认使用标准输入/输出 避免喋喋不休 输出格式必须与可接收的输入格式一致 让工具去做困难的部分 构建特定工具前,先想想 ...原创 2018-06-13 09:21:45 · 182 阅读 · 0 评论 -
0090-【Linux-Shell】-xargs使用方法
xargs xargs 是给命令传递参数的一个过滤器,也是组合多个命令的一个工具。 xargs 可以将管道或标准输入(stdin)数据转换成命令行参数,也能够从文件的输出中读取数据。 xargs 也可以将单行或多行文本输入转换为其他格式,例如多行变单行,单行变多行。 xargs 默认的命令是 echo,这意味着通过管道传递给 xargs 的输入将会包含换行和空白,不过通过 xargs 的处理,换行...原创 2018-11-14 22:17:04 · 289 阅读 · 0 评论