NCBI查找目标染色体是否有目标产物

最新推荐文章于 2022-03-01 20:32:28 发布
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有时候设计引物跑不同样本，不确定是否有产物使用
→primer-blast
填入引物在这里插入图片描述
设置选custom，填入目标染色体id
在这里插入图片描述
do it
在这里插入图片描述

Xtoothache
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几种在NCBI中查询获取目的基因序列的方法
qq_23435961的博客
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几种在NCBI中查询获取目的基因序列的方法 在NCBI中，如何查询并下载获得某物种的某特定功能的基因序列，相信对于看到此篇的大部分同学来说都不陌生了。想到对于刚开始接触生信的同学们来说，也许尚不能很熟练地在NCBI中查询想要的基因序列，因此在这里简要作了一个总结，希望对初学生信的同学们有所帮助。 此篇博文源于此前有同学问我，提到他导师给他布置任务，查找相关的文献，看相关文献中都报道了哪些细菌物种能够产生聚羟基脂肪酸酯（polyhydroxyalkanoate ，PHA），参与合成该产物的基因都有哪些，然后在
生信技能48 - 如何获取基因的SNP及RefSeq参考序列命名规则
LittleComputerRobot的博客
06-16 707
基因的SNP及RefSeq参考序列命名规则
知道某基因染色体位置信息，查找该基因染色体位置之间的DNA序列
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知道某基因染色体位置信息，查找该基因染色体位置之间的DNA序列 ncbi网站打开（先搜索一个基因进去） 点击物种名 即可出现该物种对应的所有的基因信息，send to （可下载到本地） 点击一个基因进去，之后往下拖，找到FASTA 在region区域写入所要查询的染色体位置信息，即可显示该位置信息对应的基因序列 位置信息，即可显示该位置信息对应的基因序列 ...
optionsbuilder.isconfigured 一直为false_做「容量预估」可没有true和false
weixin_39998541的博客
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构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb...
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参考链接： FTP README 如何下载 NCBI NR NT数据库？ 下载blast：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 先了解BLAST Databases：BLAST FTP Site   如何下载NCBI blast数据库？ NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有...
ncbi查找目的基因序列_NCBI gene: 基因相关信息查询
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01-03 7243
我们在进行基因相关研究的时候，如果要研究一个基因，那么首先要知道这个基因的一些基本信息，检索基因相关的网站还是很多的。其中比较出名的还是genecards。一个汇总的了很多数据库的的综合性基因查询网站。但是，这个网站只能检索和人相关的基因。其他物种的就不支持了。这次介绍的这个是ncbi旗下的gene数据库(对就是pubmed那个数据库，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ge...
生物数据库介绍——NCBI
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NCBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心）除了维护GenBank核酸序列数据库外，还提供数据分析和检索资源。NCBI资源包括Entrez、Entrez编程组件、MyNCBI、PubMed、PudMed Central、PubReader、Gene、the NCBI Taxonomy Browser...
NCBI：美国国立生物技术信息中心大型数据库
木尧大兄弟
07-05 9838
NCBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心）除了维护GenBank核酸序列数据库外，还提供数据分析和检索资源。NCBI资源包括Entrez、Entrez编程组件、MyNCBI、PubMed、PudMed Central、PubReader、Gene、the NCBI Taxonomy Browser、BLAST、P...
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目录   ##前言 参考基因组版本 {#genome-version} NCBI Ensembl UCSC ENCODE GENCODE TCGA 1000 GENOME ##前言 做数据分析常常会需要用到参考基因组和注释文件，还会需要分析公共数据，了解常见的生物信息学数据库资源也是非常有必要的！故本章首先介绍常用的参考基因组和注释文件，然后介绍生物信息常用的数据库资源如：...
【生信MOOC】生信数据库1
weixin_40695088的博客
03-01 5182
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在NCBI上进行IL6基因的序列查找、引物设计及BLAST序列比对，是生物信息学分析中的一项基础而关键的工作。为了更高效地进行这些操作，推荐参考《NCBI使用教程：基因序列到BLAST比对的全面指南》。教程不仅详细介绍了...
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Windows 系统修复工具主要用于解决 Windows 11/10 系统中的各种常见问题，具有操作简单、功能全面等特点： 文件资源管理器修复：可解决文件资源管理器卡死、崩溃、无响应等问题，能终止崩溃循环。还可修复右键菜单无响应或选项缺失问题，以及重建缩略图缓存，让图片、视频等文件的缩略图正常显示，此外，还能处理桌面缺少回收站图标、回收站损坏等问题。 互联网和连接修复：能够刷新 DNS 缓存，加速网页加载速度，减少访问延迟。可重置 TCP/IP 协议栈，增强网络连接稳定性，减少网络掉线情况，还能还原 Hosts 文件，清除恶意程序对网络设置的篡改，保障网络安全，解决电脑重装系统后网络无法连接、浏览器主页被篡改等问题。 系统修复：集成系统文件检查器（SFC），可自动扫描并修复受损的系统文件。能解决 Windows 激活状态异常的问题，还可重建 DLL 注册库，恢复应用程序兼容性，解决部分软件无法正常运行的问题，同时也能处理如 Windows 沙箱无法启动、Windows 将 JPG 或 JPEG 保存为 JFIF 等系统问题。 系统工具维护：提供启动管理器、服务管理器和进程管理器等工具，用户可控制和管理启动程序、系统服务和当前运行的进程，提高系统的启动和运行速度，防止不必要的程序和服务占用系统资源。还能查看系统规格，如处理器线程数、最大显示分辨率等。 故障排除：集成超过 20 个微软官方诊断工具，可对系统问题进行专业排查，还能生成硬件健康状态报告。能解决搜索和索引故障、邮件和日历应用程序崩溃、设置应用程序无法启动等问题，也可处理打印机、网络适配器、Windows 更新等相关故障。 其他修复功能：可以重置组策略设置、catroot2 文件夹、记事本等多种系统设置和组件，如重置 Windows 应用商店缓存、Windows 防火墙设置等。还能添加重建图标缓存支持，恢复粘滞便笺删除
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### NCBI基因组数据库中缺少染色体信息的原因及解决方案 NCBI基因组数据库提供了大量的基因组数据，其中包括许多已知物种的序列信息[^1]。然而，在某些情况下，部分基因组记录可能缺乏详细的染色体信息。这通常是由以下几个原因造成的： #### 1. **基因组组装质量不足** 许多提交至NCBI的基因组可能是由短读长测序技术（如Illumina）生成的，这类技术虽然成本较低且通量较高，但在复杂区域的覆盖度和连续性上可能存在局限性。由于片段较短，难以跨越重复序列或其他复杂的基因组结构，导致无法准确拼接成完整的染色体序列[^3]。 #### 2. **样本来源或实验设计限制** 部分基因组项目的目标并非全面解析染色体级别的信息，而是专注于特定功能区段的研究。例如，一些环境微生物或未培养微生物的基因组仅通过宏基因组学手段获取，这些数据往往以contigs形式呈现，而非完整的染色体结构[^4]。 #### 3. **数据分析流程简化** 自动化管道在处理大规模基因组数据时可能会忽略某些细节。例如，ModelSEED等工具为了提高效率，会牺牲一定的精度，从而可能导致染色体水平的信息丢失。 --- 针对上述问题，以下是几种潜在的解决策略： #### 1. **改进测序技术和组装算法** 使用长读长测序平台（如PacBio HiFi或Oxford Nanopore Technologies），可以显著提升基因组组装的质量，尤其是在高度重复或GC偏倚区域的表现更佳。结合Hi-C技术，则可进一步实现染色体级别的组装。 #### 2. **补充功能性注释** 即使当前版本的基因组缺乏染色体信息，也可以借助其他类型的omics数据进行补偿。例如，蛋白质-蛋白质相互作用网络、转录组数据以及表观遗传修饰标记可以帮助推测基因的功能关联及其物理位置[^2]。 #### 3. **更新参考数据库** 定期关注并使用最新版的参考数据库（如BiGG Models），它们经过持续优化和完善，能提供更加精确的代谢路径描述和其他重要特征。 ```python import requests from bs4 import BeautifulSoup def fetch_ncbi_genome_info(accession_id): url = f"https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term={accession_id}" response = requests.get(url) soup = BeautifulSoup(response.content, 'html.parser') info = soup.find('div', {'class': 'rprt'}) if info: title = info.h1.text.strip() summary = info.p.text.strip() if info.p else "No detailed information available." return {"title": title, "summary": summary} return None # Example usage genome_data = fetch_ncbi_genome_info("GCA_000001405.27") # Human reference genome GRCh38 if genome_data: print(f"Title: {genome_data['title']}\nSummary: {genome_data['summary']}") else: print("Genome not found.") ``` 以上脚本展示了如何从NCBI网站抓取指定基因组的相关元数据，便于研究人员快速定位感兴趣的条目。 ---
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