16s相关检索数据中有无某种菌属

Xtoothache

于 2021-03-16 15:33:51 发布

阅读量175

点赞数

文章标签：数据分析

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/kunxitoothache/article/details/114883920

版权

本文介绍了一种使用R语言查询肠道菌群中特定菌种的方法，包括从属到种的不同分类级别，并展示了如何量化这些菌种的分布。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

工作内容，记录一下，查询肠道菌中有无某一菌种

save.image("16S.RData")
load("16S.RData")
#属
g <- df_new[grepl("Lactococcus", rownames(df_new)),,drop=FALSE]
quantile(g, c(0.05, 0.99))
# 门
p <- phylum[grepl("Synergistetes", rownames(phylum)),,drop=FALSE]
quantile(p, c(0.05, 0.99))
# 纲

# 科
f <- family[grepl("Thiotrichaceae", rownames(family)),,drop=FALSE]
quantile(f, c(0.05, 0.99))
# 目
o <- order[grepl("Betaproteobacte", rownames(order)),,drop=FALSE]
quantile(o, c(0.05, 0.99))
# 种
s <- species[grepl("grepl", rownames(species)),,drop=FALSE]
quantile(s, c(0.05, 0.99))