32、大肠杆菌基因组分析详细指南

大肠杆菌基因组分析详细指南

1. 初步准备与安装检查

在开始大肠杆菌基因组分析前，我们要进行一些初步操作。首先，使用详细列表命令 ls -l 可以将当前文件夹中的所有文件显示在屏幕上，其中文件属性带有 “x” 的为可执行文件，也就是程序。

在解包二进制文件后，我们可以移除源文件 ncbi-blast-2.2.25+-ia32-linux.tar ，这样能节省大约 430 MB 的磁盘空间。为了确认安装是否成功，我们可以运行 blastp 程序的帮助选项：

$ ./bin/blastp -h

运行上述命令后，如果得到很多行输出，就说明程序可以正常运行。

2. 下载蛋白质组数据

接下来，我们要从美国国家生物技术信息中心（NCBI）的 FTP 服务器下载两个蛋白质组数据。具体操作步骤如下：
1. 进入主目录：

cd ~

2. 使用 wget 命令下载大肠杆菌 K12 菌株的蛋白质组数据：

$ wget "ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Bacteria/Escherichia_coli_K_12_substr_MG1655_uid57779/NC_00