10、糖链生产规则自动化推断与数学函数编译至化学反应网络

糖链生产规则自动化推断与数学函数编译至化学反应网络

糖链生产规则推断

在糖链生产规则的研究中，研究人员开发了工具 GlySynth 来进行规则合成。该工具用 C++ 编写，使用 Z3 作为 SMT 求解器来解决可满足性查询。实验在配备 8GB 内存和 2.4GHz CPU 的笔记本电脑上运行。

研究人员将该工具应用于三组真实数据（D1、D2、D3、D4）和两组合成数据（D5、D6）。这些分子分别来自囊性纤维化患者的呼吸道粘蛋白（D1）、马绒毛膜促性腺激素（D2）、SARS - CoV - 2 刺突蛋白 T323/S325（D3）以及癌细胞系中的人绒毛膜促性腺激素（D4）。

以下是应用 GlySynth 在数据集上的结果：
|数据集|分子数量|规则数量|规则深度|隔室数量|是否成功|时间（秒）|
| ---- | ---- | ---- | ---- | ---- | ---- | ---- |
|D1|6|7|3|1|Yes|3.02|
|D1|7|4|2|Yes|1.60|
|D1|7|2|1|Yes|0.72|
|D1|6|3|3|Yes|9.36|
|D1|8|4|1|Yes|2.39|
|D2|3|7|3|2|Yes|14.37|
|D2|5|3|2|Yes|7.97|
|D2|5|3|1|Yes|0.73|
|D2|5|3|3|Yes|13.42|
|D2|4|2|1|No|0.69|
|D3|6|6|4|2|Yes|1.02|
|D3|5|2|1|Yes|0.57|
|D3|5|3|1|Yes|0.65|
|D