常用的三种R包安装方式，快来试试叭

1.install.packages()

install.packages(pkgs, lib, repos = getOption("repos"),
                 contriburl = contrib.url(repos, type),
                 method, available = NULL, destdir = NULL,
                 dependencies = NA, type = getOption("pkgType"),
                 configure.args = getOption("configure.args"),
                 configure.vars = getOption("configure.vars"),
                 clean = FALSE, Ncpus = getOption("Ncpus", 1L),
                 verbose = getOption("verbose"),
                 libs_only = FALSE, INSTALL_opts, quiet = FALSE,
                 keep_outputs = FALSE, ...)

这列举了函数包含的参数，当然平时使用中，可以直接输入R包的字符串，而忽略后面的参数。
（小tips：如何快速查看函数的使用方法：选用函数，按下F1键即可查看函数的帮助文档。此外可以通过函数：help("install.packages")。?install.packages ?号+函数名称也可快速查找帮助文档，是help()的快捷方式。??install.packages两个问号是搜索帮助系统，是help.search()的快捷方式

install.packages(c("ncdf4", "RNetCDF")

当下载网速受限时，可以更换镜像：repos = getOption(“repos”)。还可以选择本地文件进行安装，这放到后面说。
可重复代码，每次运行安装略显麻烦，可以使用判断进行安装：

if(!requireNamespace('limma'))install.packages('limma')

2. install()安装

install是bioconductor中R包的安装函数。

BiocManager::install('limma')

在学习过程中，一些R包在第一种方式中没有办法成功安装，可以使用第二种方式进行安装。当然，实践过程中还会出现各种无法安装的方式，让人焦头烂额。这时候可以用用第三种方式。

3. 本地安装

先搜索R包，下载到本地，在进行安装（代码安装 or 手动安装）

点击packages，然后选择install，然后跳转

选择tar.gz/zip格式的本地文件进行安装，选择好之后，install即可。（代码安装，还需要copy本地文件的目录，手动更方便）
之前DESeq2包一直无法安装成功，最后用下载本地文件，实现了快速安装。

搜索DESeq2包

推荐的安装方式，但，我始终安装不上

下载本地文件：source package，tar.gz后缀到本地，即可安装