1.install.packages()
install.packages(pkgs, lib, repos = getOption("repos"),
contriburl = contrib.url(repos, type),
method, available = NULL, destdir = NULL,
dependencies = NA, type = getOption("pkgType"),
configure.args = getOption("configure.args"),
configure.vars = getOption("configure.vars"),
clean = FALSE, Ncpus = getOption("Ncpus", 1L),
verbose = getOption("verbose"),
libs_only = FALSE, INSTALL_opts, quiet = FALSE,
keep_outputs = FALSE, ...)
这列举了函数包含的参数,当然平时使用中,可以直接输入R包的字符串,而忽略后面的参数。
(小tips:如何快速查看函数的使用方法:选用函数,按下F1键即可查看函数的帮助文档。此外可以通过函数:help("install.packages")
。?install.packages
?号+函数名称也可快速查找帮助文档,是help()的快捷方式。??install.packages
两个问号是搜索帮助系统,是help.search()
的快捷方式
install.packages(c("ncdf4", "RNetCDF")
当下载网速受限时,可以更换镜像:repos = getOption(“repos”)。还可以选择本地文件进行安装,这放到后面说。
可重复代码,每次运行安装略显麻烦,可以使用判断进行安装:
if(!requireNamespace('limma'))install.packages('limma')
2. install()安装
install是bioconductor中R包的安装函数。
BiocManager::install('limma')
在学习过程中,一些R包在第一种方式中没有办法成功安装,可以使用第二种方式进行安装。当然,实践过程中还会出现各种无法安装的方式,让人焦头烂额。这时候可以用用第三种方式。
3. 本地安装
先搜索R包,下载到本地,在进行安装(代码安装 or 手动安装)
点击packages,然后选择install,然后跳转
选择tar.gz/zip格式的本地文件进行安装,选择好之后,install即可。(代码安装,还需要copy本地文件的目录,手动更方便)
之前DESeq2包一直无法安装成功,最后用下载本地文件,实现了快速安装。
搜索DESeq2包
推荐的安装方式,但,我始终安装不上
下载本地文件:source package,tar.gz后缀到本地,即可安装