Rtools下载和安装

Rtools安装

1.下载网址

Rtools:https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/

目前可以下载这些版本的Rtools,可根据自己的R语言版本选择合适的Rtools;发现从这下载,下载速度还可以。	

可

2.安装建议

不建议安装在系统盘,避免系统问题导致重装

3.环境配置
writeLines('PATH="${RTOOLS40_HOME}\\usr\\bin;${PATH}"', con = "~/.Renviron")

重启R语言之后输入

Sys.which("make")

如果环境配置成功,会有下述类似信息
" make
“D:\PROGRA~1\Rtools\rtools44\usr\bin\make.exe” "

上面两步都okay,就测试下能不能通过以下方式安装包

install.packages("jsonlite", type = "source")

可以安装说明已经安装成功

### 如何下载安装 R、RStudio Rtools #### 下载 R 访问官方网站,通过导航栏中的 **Download** 菜单找到 CRAN 或 download R 链接。可以选择清华大学镜像站点以提高下载速度。根据操作系统选择对应的版本,在 Windows 系统下点击 base 文件夹即可进入 R 的基础下载页面[^1]。 #### 安装 R 运行已下载安装程序,按照提示完成安装过程。建议将安装路径设置为英文字符组成的简单路径,避免使用中文或其他特殊字符。这有助于后续软件包的正常加载运行[^3]。 #### 下载 Rtools 同样在 CRAN 页面中,可以通过点击 tools 或者直接搜索 Rtools 来获取其下载链接。Rtools 提供了 GNU 编译器集合 (GCC) 及其他必要的开发工具,这对于需要编译 C/C++ 扩展包的用户尤为重要[^2]。 #### 安装 Rtools 下载完成后执行安装文件,默认选项通常已经满足大多数需求。确保环境变量 PATH 中包含了 Rtools 的二进制目录,这样可以在命令行界面调用 GCC 等工具[^2]。 #### 下载 RStudio 前往 RStudio 的官方主页 https://www.rstudio.com/ ,在其产品列表里选择适合当前操作系统的桌面版免费版本进行下载[^1]。 #### 安装 RStudio 双击所下载的应用程序启动安装向导,遵循屏幕上的指示直至结束。由于 RStudio 是一个图形化前端应用,因此无需特别配置就能立即投入使用。 #### 设置工作区与安装额外包 为了便于管理项目及相关依赖项,可以预先定义好存储位置。例如下面这段脚本展示了如何指定目标文件夹来保存新加入的库: ```r install.packages("BiocManager", destdir="F:/Bio_software/software_file/R-4.4.1/library/package_zip") install.packages("ggplot2", destdir="F:/Bio_software/software_file/R-4.4.1/library/package_zip") ``` 更多生物信息学相关的模块也可以采用类似方式批量引入: ```r BiocManager::install(c('BiocGenerics', 'DelayedArray', 'DelayedMatrixStats', 'limma', 'S4Vectors', 'SingleCellExperiment', 'SummarizedExperiment', 'batchelor', 'Matrix.utils'), destdir="F:/Bio_software/software_file/R-4.4.1/library/package_zip") ``` 以上步骤涵盖了从准备到实际使用的整个流程。
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