11-云服务器处理单细胞转录组数据

最新推荐文章于 2025-03-08 23:59:32 发布
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分类专栏： linux学习笔记 单细胞学习 文章标签： 服务器 运维
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零基础入门生信转录组数据分析——导读
呆猪儿的博客
10-18 5909
转录组数据分析（上游，下游，数据可视化）专栏的目录，可以直接通过点击各个分析点直接跳转到相关帖子，方便查找和观看
10x单细胞转录组数据bam格式转为fastq格式
weixin_47890536的博客
04-19 2659
在下载NCBI等公共数据库中的单细胞测序数据，发现仅提供了处理后的bam文件时，可以用来将bam转为fastq文件进行重新分析，实现不同数据集上游分析的统一，比如参考基因组的一致等。
做生信分析为什么要服务器？
2401_89509430的博客
12-11 444
随着生物技术的发展，特别是高通量测序技术的普及，生物信息学数据的规模和处理复杂性不断增加，使得服务器成为生信分析的必然选择。服务器通常配备大容量的存储设备，如高速硬盘阵列（RAID）或网络存储（NAS），能够满足海量数据的存储需求，并提供数据备份和冗余机制，确保数据的安全性和可靠性。服务器能够提供更加可靠和安全的数据存储和备份机制，并通过权限控制和网络安全措施，确保数据的保密性和完整性。——技术支持和保障 使用服务器通常附带专业的技术支持和保障服务，能够及时解决硬件和软件问题，确保服务器的稳定运行。
单细胞测序step1——搭建云服务器下网页版Rstudio
weixin_46383931的博客
08-25 7055
单细胞测序step1——搭建云服务器下网页版Rstudio 为何是云服务器？ 之前看到师兄在朋友圈抱怨说服务器28G的内存不够用非常苦恼，之后我就打消了用实体服务器的念头，选择云服务器主要有以下几点原因： 便宜 ，16核64G+带宽5M+100G附加存储=2.6元/小时（所选配置越高价格越高，暑假有优惠！） 稳定性好，对于新手来说，云服务器简直是试错神器！！担心自己一顿操作搞坏云服务器？不可能的！搞坏了分分钟可以再开一台，当然，对于已经搭建了各种程序环境，保存有数据的老玩家来说，敲代码还是要慎重。 分钟级
Tahoe-100M：现最大的1亿规模癌症单细胞转录组-药物治疗/扰动数据集
最新发布
组学之心，专注多组学/ 医学AI 领域
03-08 953
构建细胞行为的表达性计算机模型需要生成大型定量数据集，系统地绘制细胞状态如何被各种干扰重塑了构建细胞行为的预测性计算模型。扰动测量能够阐明因果基因-基因相互作用，揭示了反馈回路，并暴露了补偿途径，从而揭示了控制细胞行为和功能的潜在调控网络。但目前缺乏大规模高通量的基因扰动单细胞测序数据，作为相关计算模型的输入，因此该研究聚焦在这个痛点，发布了1亿规模的单细胞转录组扰动测序数据。
单细胞分析R包monocle3服务器安装教程
qq_36608036的博客
04-23 1万+
由于centos7系统yum只能安装到低版本gdal，而monocle3依赖包需要 gdal>2 版本，从gdal官网下载2.4.4版本编译安装。monocle3的安装是通过cole-trapnell-lab安装的，该包挂在github上，需要通过github先安装leidenbase包，需要提前安装devtools包下载工具。接着利用BiocManager安装相应的依赖包，由于这些包的特殊性，所以不要切换到国内Bio_Mirror镜像，否则会找不到，如果一次不成功，缺啥补啥即可。运行 ldconfig。
从零开始配置一个服务器（生信与临床研究方向）
Alleine的博客
08-19 1316
目录基本信息服务器配置更改 root 用户名密码 基本信息 服务器配置 4核 8G，带宽 5M，200G 硬盘 更改 root 用户名密码 vi /etc/passwd vi /etc/shadow #更改这两个文件的第一行的 root 为新用户名 sudo passwd root ...
生物信息学三大数据库NCBI-ENSEMBL-UCSC
热门推荐
watermel__的博客
05-18 3万+
NCBI NCBI (National Center for Biotechnology Information，美国国立生物技术信息中心）于1988年11月4日建立，是NIH（美国国立卫生研究院）的NLM（国立医学图书馆）的一个分支。目的是通过提供在线生物学数据和生物信息学分析工具来帮助人类更好的认知生物学问题。 目前有将近40个在线的文库和分子生物学数据库，包括：PubMed, PubMed Central, and GenBank等。网址： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Nature Methods | 空间转录组与单细胞转录组整合分析工具性能测试
wen05054105的博客
06-09 1391
空间转录组和单细胞转录组整合分析工具大比拼
harmonyos2-Single-cell-RNAseq-data-analysis-bundle:单细胞RNAseq数据分析包
07-01
测序转录组学数据进行处理、分析和探索性分析。 这些脚本也可以在个人机器上和/或以交互模式使用，或者通过调整 shell 脚本以在其他集群软件上使用。 这些管道是为研究解码人类胎肝造血过程中血液和免疫系统的发展而...
生信项目流程
weixin_44540733的博客
03-08 2174
数据特征的选择是根据具体的项目进行选择的，不一定哪种数据特征提取的方法会好，也可以采用多视图特征融合的方法进行训练模型，以提高模型的性能。
Sentieon快速入门指南
weixin_41221145的博客
07-11 208
Sentieon软件为完整的纯软件基因变异检测二级分析方案，其分析流程完全忠于BWA、GATK、MuTect2、STAR、Minimap2、Fgbio、picard等金标准的数学模型。在匹配开源流程分析结果的前提下，大幅提升WGS、WES、Panel、UMI、ctDNA、RNA等测序数据的分析效率和检出精度，并匹配目前全部...
生信软件21 - 多线程拆分NCBI-SRA文件工具pfastq-dump
LittleComputerRobot的博客
06-06 1462
pfastq-dump支持多线程拆分，相比于NCBI 工具fastq-dump效率大幅提升。
做生信分析平台需要什么配置的服务器？生信分析平台服务器配置建议
我是飞飞啊，不一定温柔，但一定自由
09-14 2176
生物信息学主要研究方向：DNA/RNA/蛋白质测序，序列比对，基因发现，基因组组装，药物设计，药物发现，蛋白质结构比对和预测，通过使用计算密集型技术（用于模式识别，数据挖掘，机器学习算法和可视化）来加深对生物过程的理解。因此需要配备先进的计算设备和丰富专业的分析软件
生物信息学分析领域领先的特制语言环境NGLess（Next Generation Less）介绍、安装配置和详细使用方法
04-16 417
准备数据：获取并准备用于分析的原始测序数据。质量控制和过滤：对原始数据进行质量控制、去除低质量序列和去除宿主DNA等。人类肠道宏基因组分类：对数据进行分类，识别宿主肠道微生物。功能注释：对宏基因组数据进行功能注释，识别和分析肠道微生物的功能特征。
福利｜长虹佳华亿氪虹云携手MemVerge带你轻松玩转生信业务云上创新
fish_453150869的博客
12-25 590
随着互联网和金融等行业IT技术的飞速发展，长虹佳华携手MemVerge推出的一站式云管理平台，为生信业务带来新的技术解决方案，通过应用级上云技术叠加阿里云平台的计算能力，帮助生信业务实现快速上云，并在提高生信分析效率的同时，将云成本降低了。本次开放体验的产品为Memory Machine Cloud （简称MMCloud），能够简化在阿里云等主要公有云平台上部署容器化应用程序的流程，它集作业调度，资源管理和应用管理为一体，用户只需要关心自身业务，即可轻松享受云的便利。：按照操作指南完成部署并提交一个任务。
生信软件39 - GATK最佳实践流程重构，提高17倍分析速度的LUSH流程
LittleComputerRobot的博客
10-22 1776
GATK最佳实践流程重构，提高17倍分析速度的LUSH流程
属于服务器端运行的程序_生信分析云平台产品开发 - 5 生信分析pipeline服务器端运行...
weixin_39931362的博客
12-05 213
在上文 [生信分析云平台产品开发 - 4 生信分析pipeline的图形化] 讨论了生信分析pipeline的图形化，如何用图形的方式显示生信pipeline，但是pipeline脚本按照变量的形式保存之后，如何运行，在什么环境下运行？是本文要解决的问题。运行方式：本地 VS 远程1. 本地模式：优势：容易实现，运行效率高，不依赖网络劣势：限制了软件的适用范围，本机性能就决定了分析性能，不易扩展，...
Pegasus：高效分析数百万单细胞转录组工具
单细胞分析是指对单个细胞的转录组、基因组或蛋白质组等进行深入分析的技术，这对于理解细胞异质性、细胞分化以及细胞间互作等生物学问题至关重要。随着技术的发展，单细胞分析已经逐渐成为生命科学领域的一个热点...
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