批量从NCBI后台下载指定数据的Perl脚本

最新推荐文章于 2024-09-02 08:17:49 发布

huangliangbo0805

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分类专栏： Perl 文章标签： Perl NCBI ftp gbk

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/huangliangbo0805/article/details/44698499

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这篇博客介绍了如何使用Perl脚本来从NCBI的FTP服务器上批量下载Xanthomonas属菌株的GBK文件。由于NCBI前台不再提供GBK数据，作者通过后台FTP进行下载，并提供了脚本供有类似需求的人参考。目前脚本尚未实现多进程下载，作者计划后续改进。

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最近需要在NCBI中下载所有Xanthomonas属菌株对应的gbk文件，由于NCBI前台gbk数据已经改版，故打算从后台ftp.ncbi.nlm.nih.gov下载。写了个Perl脚本用于批量下载NCBI后台数据，有这方面需求的同仁们可以参考。另外，多进程暂时未成功，后期再更改。

#!/usr/bin/perl
##################################################################################################
# NCBI_ftp_batch_fetch.pl
# 黄良博 huanglb0805@163.com
# 2015-3-25
# 用途：可用于在NCBI的后台ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Bacteria中下载某一个属对应的文件（gbk,fna,gbs,ptt等均可）。
# 下载Xanthomonas属中所有菌株的gbk文件和fna文件：
# perl $0 -g Xanthomonas -s gbk -s fna
# 注意：多进程暂时不能使用
##################################################################################################

use v5.16;
use warnings;
use Net::FTP;
use Cwd;
use Getopt::Long;
use Parallel::ForkManager;

my($genus,@suffix,$thread,$help);

GetOptions(
	"genus:s"	=>\$genus,
	"suffix:s"	=>\@suffix,
	#"thread:i"	=>\$thread