bedtools软件安装报错：gzopen函数未定义（undefined reference to `gzopen64'）

最新推荐文章于 2022-07-18 21:30:36 发布

huangliangbo0805

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在安装bedtools v2.26.0时遇到gzopen64函数未定义的错误。通过修改Makefile的prefix路径，查找系统中的libz.so文件，使用objdump检查函数存在性，更新LD_LIBRARY_PATH和LDFLAGS，最终成功安装。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

  在如下网站下载最新版软件： 
 https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/tag/v2.26.0 

 
 https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.26.0/bedtools-2.26.0.tar.gz 

  wget https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.26.0/bedtools-2.26.0.tar.gz 

  tar xzf bedtools-2.26.0.tar.gz 

  cd bedtools2 

  vim Makefile，将第28行修改为：prefix = /ifs4/BC_COM_P5/F15FTSECKF0984/PEOahnD/PEOahnD/hlb/bin/bedtools-2.26/ 

  make 

  报错： 

  - Building main bedtools binary. 

  obj/gzstream.o: In function `gzstreambuf::open(char const*, int)': 

  gzstream.C:(.text+0x2a2): undefined reference to `gzopen64' 

  collect2: ld 返回 1 

  make: *** [all] 错误 1 

  搜索系统中库文件： 

  locate libz.so | less 

  输出如下： 

  /lib64/libz.so.1 

  /lib64/libz.so.1.2.3 

  /root/zlib-1.2.8/libz.so 

  /root/zlib-1.2.8/libz.so.1 

  /root/zlib-1.2.8/libz.so.1.2.8 

  /usr/lib64/libz.so 

  /usr/local/lib/libz.so 

  /usr/local/lib/libz.so.1 

  /usr/local/lib/libz.so.1.2.8 

 
 分别查询上述.so文件中的函数地址，如果都找不到，则需安装最新版本的libz 

  objdump -T /lib64/libz.so.1 | grep gzopen64 

  objdump -T /lib64/libz.so.1.2.3 | grep gzopen64 

  objdump -T /root/zlib-1.2.8/libz.so | grep gzopen64 

  objdump -T /root/zlib-1.2.8/libz.so.1 | grep gzopen64 

  objdump -T /root/zlib-1.2.8/libz.so.1.2.8 | grep gzopen64 

  objdump -T /usr/lib64/libz.so | grep gzopen64 

  objdump -T /usr/local/lib/libz.so | grep gzopen64 

  objdump -T /usr/local/lib/libz.so.1.2.8 | grep gzopen64 

  export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib:$LD_LIBRARY_PATH 

  export LDFLAGS="-L/usr/local/lib" 

  make 

  安装成功 