handsome213的博客

运行能量最小化的时候，出现如下提示。查找相关论坛，发现该提示并不影响。

使用Gaussion09是想用g09计算RESP2电荷值和Multifwn计算的RESP2电荷值进行比较。首先，测试了水分子的几何优化过程，但是这个过程并不容易，遇到了很多坑。

但还是显示mpirun not found，而且输入mpiexec -V，也会显示正确的openmpi版本，输入which mpirun也会显示正确的路径。从Multiwfn安装目录下的example/RESP下复制脚本到当前目录，比如RESP2_ORCA.sh，该脚本包括几何优化步骤。接下来，修改脚本中的nprocs和maxcore参数，同时设置ORCA和orca_2mkl两个参数的路径。于是，我将该环境写在了RESP2_ORCA.sh脚本中，重启wsl之后，便可以进行多核操作了。

用在md.sh脚本当中，或者在交互开始时使用。1 设置临时环境变量。

接上一篇文章，下载好WSL中的GPU加速版本的AMBER，但仅仅是串行版，本篇文章对GPU 串行版AMBER进行测试。而此时使用CPU串行版 ，发现同样的体系200ps需要8.9h，这差距也太大了吧，可见gpu加速比cpu要快很多。修改 md.in文件为：改为200ps的MD，将输出设置为每2ps输出一次到mdout文件。使用GPU串行版，可以看到运行200ps的MD仅需要20min。包括拓扑文件，rst7文件和md输入文件。2 编写脚本md.sh。

前提是已经安装过wsl。

首先删除原来的安装包，然后下载一个新的安装包，再赋予该安装包权限，最后再返回build文件夹执行编译操作即可。U盘移动时文件受损，重新安装一个即可。

中删除与相关软件包关联的文件。

第三，导入分发至移动硬盘，这里G盘为移动硬盘。第四，恢复原来的wsl用户为默认用户。

使用cpptraj -p name.prmtop -y name.mdcrd -x namd.dcd，将轨迹转换成DCD格式，即可在VMD中显示了。

【代码】WSL中使用VMD图形化界面。

首先进行能量最小化，其次在正则系综NVT下，20ps升温至298K，最后在标准状态下，NPT系综下，进行60ps的MD。标准的leaprc文件将HIS命名为HIE，因此，如果载入含残基HIS的PDB文件，则将该残基命名为HIE。设置得非常低, 这样才可以对这个很短的模拟进行分析. 使用这样的设置进行更长时间的MD模拟会产生非常大的输出文件和轨迹文件, 并且比常规MD设置更慢. 对于真正的成品MD, 需要增加。使用gedit打开文本编辑器，输入以下内容，并将文件命名为01_min.in。